お客様の実施される実験について、お聞かせください。

1. サンプルの生物種をお聞かせください。（必須）

2. サンプルのタイプをお聞かせください（例：FFPE、生体液、組織または細胞株名）（必須）*。

*お見積りの提示後にサンプルが輸出可能かどうかを確認させていただきます。

3. サンプルの数（反復実験を含めて）をお聞かせください。（必須）
　**反復実験を含めて最低6サンプル、1試験条件あたり最小2回以上の反復実験を実施してください**
サンプル総数：

4. お送りいただけるおおよそのサンプル量はどのくらいかお聞かせください。（必須）

5. ATAC-seq実験をされる目的を簡単にお聞かせください：オープンクロマチンマッピング／ヌクレオソームポジショニング（必須）
オープンクロマチンマッピングヌクレオソームポジショニング

6. 基本解析仕様

・解析を行うにあたり、次世代シーケンシングはペアエンド50 bpでサンプルあたり合計40 Mリードデータ（オープンクロマチンマッピング実施の場合）および100 Mリードデータ（ヌクレオソームポジショニング実施の場合）を取得することをお勧めします。シーケンス結果についてはFastQ形式の生データをSFTP転送を介してご提供いたします。

・解析には配列の品質チェック、レファレンスゲノムへのアラインメント、ピークコーリング（濃縮部位同定）、オープンクロマチン領域の同定が含まれます。

提供されるファイル：
・シーケンス統計レポート
・生データ（FASTQフォーマット）
・FastQCレポート
・アラインメントデータ（BAMフォーマット）
・ピークファイル（BEDフォーマット）

7. 追加のオプション解析が必要ですか？以下のオプションにチェックを入れてください。

Clustering and Principal Component Analysis: Identification and annotation of different open chromatin regions between groups of samples with unsupervised analysis.
　　本分析について何通りの比較が必要かお聞かせください。
　　

Annotation in genomic regions: Annotation of ATAC-Seq peaks with genomic regions: introns, exons, promoters, 1-to-5 kb upstream-TSS and intergenic regions for human, mouse, rat and drosophila.

Gene ontology terms analysis: Enrichment analysis on gene sets. Gene Ontology terms that are overrepresented in open chromatin regions or differentially accessible regions may indicate the underlying biological processes involved.

Pathway analysis: Identify biochemical pathways in which genes associated with open chromatin regions or differentially accessible regions may be overrepresented.

Nucleosome positioning

TF motif recognition on open chromatin regions

Machine learning analysis

Customized Analysis:
　　お客様のリクエストに応じて解析をカスタマイズいたします。詳細は直接営業担当者にご連絡ください。

Integrative analysis: Integrative analysis of multi-omics projects (for example ATAC-seq and RNA-seq data, etc.)

8. 以上に記されていない解析で、ご希望の解析があればご記入ください。

9. その他、プロジェクト詳細についてお知りになりたいことやリクエストがあればご記入ください。

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