メチル化DNA免疫沈降(MeDIP)は5-メチル化シトシン(5-mC)または5-ヒドロキシメチル化シトシン(5-hmC、hMeDIPの場合)に対する抗体を用いたメチル化DNAのアフィニティー精製です。
使い方
メチルDNA免疫沈降は以下のようにして実施されます。
培養細胞または組織からのゲノムDNAを調製、Picoruptorウルトラソニケータなどの超音波破砕装置による断片化を行い、その後変性させます。次いで、免疫選択および免疫沈降を、5メチルシトシンに対する抗体および抗体結合ビーズを用いて行います。

単離および精製が行われた後の免疫沈降されたメチル化DNAは、qPCR、増幅、マイクロアレイ上のハイブリダイゼーションまたは次世代シーケンシングなど、下流における分析に対応し、直接実験に用いていただくことが可能です。
hMeDIP法
5-ヒドロキシメチル化シトシン(5-hmC)はシトシン脱メチル化の中間物質としてエピジェネティクス上で遺伝子発現調節を担っていることが分かっています。
しかしながら、5-hmCと5-mCを効果的に区別するためには従来5-hmCに修飾基を付加し、特異的に制限酵素を作用させるなど面倒な手順が必要でした。
hMeDIP kitは、Diagenodeが独自に取り扱っている抗5-hmC抗体を用いた免疫沈降精製キットで、効率よく簡単にヒドロキシメチル化DNAを濃縮・回収することが可能です。特異性の高い抗体により、高い回収率でヒドロキシメチル化DNAを得ることができ、定量やシーケンスに用いることができます。