Infinium Methylation EPIC array|エピジェネティクス研究で使用される実験手法

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Infinium Methylation EPIC arrayは、バイサルファイト処理とIllumina®社の技術に基づくゲノムワイドのDNAメチル化解析技術です。

Infiniumアッセイ

Infinium Methylation EPIC arrayでは伸長反応の有無によって一塩基の変異を検出するInfiniumアッセイを用いて、バイサルファイト処理を行ったDNAのシトシンとチミンの差を判別します。

検出は蛍光で行うため、蛍光強度を測定することによってメチル化の度合いを定量できます。

図:アレイ上のメチル化部位検出ビーズとInfiniumアッセイ

メチル化アレイの利点

アレイを用いたメチル化解析は、アレイ上に固定化されたDNAとサンプルDNAを相補させて検出するため、配列特異的な検出を定量的に行うことができます。

複数のサンプルを同時に解析することができ、1サンプル当たりのコストを低く抑えながらハイスループットで解析することが可能です。

Infinium Methylation EPIC arrayは、実績のあるHumanMethylation450 BeadChipのプローブ数を大幅にアップグレードしたメチル化アレイです。Infinium Methylation EPIC arrayでは、一塩基の解像度でゲノムワイドにわたる850,000を超える部位のメチル化レベルの定量的検出が可能です。

選定された850,000箇所のメチル化部位はRefSeq遺伝子、CpG アイランド・アイランド近傍、非CpG部位など、あらかじめ専門家が選定した包括的な領域を含んでいます。

また、アッセイの再現性が高く、テクニカルレプリケートにおいて98%の再現性を有しているため、データの信頼性においても優れています。

Infinium Methylation EPIC arrayのカバレッジ

Infinium Methylation EPIC arrayは、CpGアイランド、遺伝子、プロモーターなど密なカバレッジを実現しており、広範囲なメチル化サイトをそれぞれ包括的に、かつ網羅的に解析できる様に選択しています。

また、ENCODEプロジェクトによって同定された潜在的なエンハンサーなどの領域や、FAMTOM5プロジェクトによって、異なる組織タイプにわたって同定されたエンハンサーなどもターゲットにしています。

Infinium HDテクノロジーでは、メチル化DNAを濃縮する際の実験手段に由来するバイアスの制限を受けない環境の下でメチル化部位が選定されています。これにより、充実したアノテーション情報とともに、ヒトの様々な組織を使ったエピゲノムワイド関連解析(EWAS)でご使用いただけます。

この製品に搭載された850,000箇所に含まれるメチル化部位は以下の通りです。

  1. CpGアイランド、およびCpGアイランド以外のCpGサイト
  2. ヒト幹細胞で同定された非CpGサイトのメチル化領域(CHHサイト)
  3. 腫瘍細胞と正常細胞間で確認された異なるメチル化を示す領域
  4. FANTOM5エンハンサー
  5. ENCODEオープンクロマチンとエンハンサー
  6. DNase高感受性部位
  7. miRNAプロモーター領域

oxEPIC arrayでヒドロキシメチル化シトシンの検出にも対応

シトシンのヒドロキシメチル化の有無が生理的な調節機構を担っていることがわかっていますが、メチル化解析を行う際、バイサルファイト処理において、メチル化とヒドロキシメチル化両方ともに変換から保護されているため、区別することが不可能です。

Infinium Hydroxymethylation oxEPIC arrayでは、バイサルファイト法の前に酸化処理を行うことによってバイサルファイト変換後の分子がウラシルとなり、ヒドロキシメチル化シトシンの検出に対応することが可能となりました。

DiagenodeのInfinium Methylation EPIC array受託サービス

Diagenodeでは、カスタム受託サービスとしてInfinium Methilation EPIC arrayを用いたメチル化解析サービスを提供しています。

弊社のInfinium Methylation EPIC array受託サービスの特徴は以下の通りです。

  1. 費用対効果が高く、短納期
  2. CpG、非CpG、およびCHH部位の定量分析が可能
  3. 一塩基分解能でヒトゲノム上の850,000以上のCpG部位をカバー
  4. メチル化部位の示差解析
  5. バイサルファイト処理、アレイハイブリダイゼーション、およびデータ解析を提供する包括的なサービス

サービスの流れについては下のページをご覧ください。

詳しくはグローバルサイトでご案内しておりますので、製品にご興味を持たれた方は是非そちらもご覧ください。

service workflow
サンプル処理からデータまで
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