Chapter 10. ChIP実験マニュアル・ガイド


ChIPは原理は単純ですが、それぞれのプロセスにおいてパラメーターの多い複雑な実験系です。

Diagenode社ではChIP実験試薬および超音波処理装置メーカーとしてこれまでにノウハウを積み上げてきたものをキットのマニュアルやガイドにまとめています。

ここではそれらの実験マニュアル・ガイドのリンクをご紹介いたします。気になる資料がありましたらご自由にダウンロードください。

(各書類のダウンロードボタンは外部サイト(グローバルサイト)にリンクしています)

ChIPキット

iDeal ChIP qPCR Kitマニュアル

DiagenodeのiDeal ChIP-qPCRキットは、ChIP-qPCRアッセイ用に最適化されたソリューションです。ChIP-qPCRアッセイで押さえるべきパラメータはキットを使用することによって劇的に少なくなり、コントロールが容易になります。キットをご使用の方もご使用でない方も是非ご一読ください。

iDeal ChIP-seq Kit for Transcription Factors マニュアル

DiagenodeのiDeal ChIP-seq kit for transcription factorsは、転写因子をターゲットとしたChIP-seqの結果を得るための高度に特殊化されたソリューションです。転写因子をターゲットとしたChIP-seq研究を行う前に、キットをご使用の方もご使用でない方もご覧ください。

iDeal ChIP-seq histones kit x24 x100マニュアル

iDeal ChIP-seq histones kitは、ヒストンをターゲットとしたChIP-seqの結果を得るための高度に特殊化されたソリューションです。Illumina社およびIon Torrent社のシーケンサーに対応しています。

TrueMicroChIP kit manual

ChIPは免疫沈降のプロセスを挟むため、どうしても回収できるDNA量が少なくなりますが、このキットは少ない細胞数(1×104個~)からChIP-seqに使用できるDNAを回収できます。このマニュアルは少ないサンプルからChIP-seqを行うまでの手順とトラブルシューティングについてご覧いただけます。

Universal Plant ChIP-seq kit manual

植物細胞・組織を用いてChIPアッセイを行う際に最適なChIP-seqキットのマニュアルです。植物を対象としたChIP-seq、ChIP-qPCRをご希望の方は参考にしていただけます。

ChIP from plant material with the LowCell# ChIP Kit Protocol

植物培養細胞からLowCell# ChIP kitを用いてChIPアッセイを行うためのプロトコルです。Diagenodeでは通常の方法でアッセイが確認できたものについてこの実験を行うことをお勧めします。また、クロスリンク試薬と抽出試薬はキットに含まれていません。

Chromatin Immunoprecipitation Brochure

ChIPアッセイを行う際に、自分の実験サンプルでご希望の結果を出すためにご使用になれるDiagenode製品を紹介したブローシャです。実験サンプル・内容に応じて、どのキットを用いて実験すればよいかの参考にしていただけます。

Cell number estimation plants calculation table

植物細胞・組織の超音波破砕・クロマチンの断片化後、Qubitを用いて測定したDNA量を入力することによって得られた処理済細胞数を推測する表計算ファイルです。常に免疫沈降する細胞数を揃えることが実験の安定性にとって重要です(.xlsx書類)。

NGSライブラリー調製キット

iDeal Library Preparation kit x24 (incl. Index Primer Set 1) manual

Illumina社のシーケンサーに適合し、ChIPアッセイと組み合わせて使用するのに適したDNAライブラリ構築キットのマニュアルです。iDeal ChIP kitと組み合わせて使用できるキットです。

MicroPlex Library Preparation kit v2 manual

少量のDNAからライブラリを構築でき、Illumina社のシーケンサーに適合したDNAライブラリ構築キットのマニュアルです。DNA-seq、RNA-seq、ChIP-seqに対応しており、NGSのライブラリを構築する際に参考にしていただけます。

True MicroChIP and MicroPlex kits Application Note

少ない細胞数(1×104個)からIllumina社のHiSeq2000を用いてChIP-seqを行った結果を記したノートです。Diagenode社のTrueMicroChIP kitとMicroPlexLibrary Preparation kitsを用いて実験を行いました。

クロスリンク試薬

ChIP cross-link Gold manual

ホルムアルデヒドでは十分なクロスリンクができないサンプル、例えばタンパク質-タンパク質の相互作用が介在している場合に、このChIP cross-link Goldをホルムアルデヒドと共に使用します。このマニュアルではChIP cross-link Goldを用いたクロスリンク法と下流の実験手順について説明しています。

クロマチン断片化・超音波処理

Chromatin shearing - Guide for successful chromatin preparation using the Bioruptor® Pico

Picoruptorを用いてChIPに最適な断片化クロマチンを調製するための総合ガイドです。クロスリンク条件、バッファー条件、機器のセッティング等多岐にわたって参考にしていただけます。

Chromatin shearing from tissue protocol using Diagenode’s Chromatin shearing optimization kit - Low SDS and Bioruptor® Standard, Plus or Pico

PicoruptorとChromatin shearing optimization kit – Low SDSを用いて組織からの断片化クロマチン調製を最適化するためのプロトコルです。

Chromatin Shearing Optimization Kit (Universal Plant ChIP-seq kit) manual

PicoruptorとChromatin shearing optimization kit (Universal Plant ChIP-seq kit)を用いて植物からの断片化クロマチン調製を最適化するためのプロトコルです。

Chromatin shearing with the Bioruptor Pico 10 µl - 300 µl protocol

Picoruptorを用いて10μl – 300μlのサンプルを超音波処理する際のプロトコルです。

Chromatin shearing with the Bioruptor® Pico 500 µl - 2 ml protocol

Picoruptorを用いて500μl –2 mlのサンプルを超音波処理する際のプロトコルです。

Chromatin shearing with the Bioruptor® Pico, 0.2 ml Bioruptor® Microtubes and the corresponding holder

Picoruptorと0.2 mlチューブを用いて同時に16本の20μl –100μlの細胞サンプルを超音波処理する際のプロトコルです。

ChIP-seq from human tumor tissue - Application note

Picoruptorを用いてヒト腫瘍組織から断片化クロマチンを調整し、ChIP-seqを行ったアプリケーションノートです。

Re-shearing of decrosslinked immunoprecipitated DNA using the Bioruptor® Pico

Picoruptorを用いて脱クロスリンクされた免疫沈降済みDNAを再断片化する際のプロトコルです。

ChIP-seq・バイオインフォマティクス

Fast and cost-effective ChIP-sequencing using Diagenode iDeal ChIP-seq kit and antibodies with the Ion Torrent PGM™ sequencer

Ion Torrent社シーケンサを用いたシーケンスのライブラリ構築に使用するDNAの断片化にはDiagenode社の超音波処理装置Picoruptorが最適です。このDNAを出発DNAとし、iDeal ChIP-seq kitとIon Torrent Personal Genome Machineシーケンサーを用いてChIP-seqを行った結果のポスターです。

Bioinformatics pipeline for ChIPseq analyses

ChIP-seqはゲノムワイドにタンパク質-DNA相互作用をマッピングするのに重要な手法となっていますが、次世代シーケンシングによって出力される膨大なデータ処理がネックです。この報告ではDiagenode社で行ったChIP-seqの解析パイプラインを紹介しています。

ChIP-grade抗体

Antibodies you can trust poster

ChIP-seqはエピジェネティクス研究においてゴールドスタンダードの実験手法ですが、実験の安定性を担保するためには抗体の品質が重要です。このポスターではDiagenode社で品質管理したChIP-seq grade抗体の検証を行っています。

品質管理

Application note: Best Workflow Practices for ChIP-seq Analysis with Small Samples

少ない細胞数(1×104個)からDNAを抽出するとき問題になるのは抽出したDNAの品質管理です。DNA断片の品質管理はChIP-seqを行う上では重要なチェックポイントです。少量のDNA断片の品質を管理するための再現性の良い方法についてDiagenode社でキャピラリー電気泳動法を検討した実験ノートです。


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