Chapter 1. クロマチン免疫沈降（ChIP）とは？
クロマチン免疫沈降（ChIP）法は、生細胞内でのタンパク質‐DNA間の相互作用を解析するための方法の一つです。ChIPの原理を説明します。
Chapter 2. ChIP-qPCRとは？
ChIP-qPCRはChIPアッセイをqPCRと組み合わせた分析方法です。ChIP-qPCRは、異なる実験条件にわたって特定の遺伝子および調節領域に焦点を当てた研究に有利な実験法です。実験から得られたデータの計算法・論文へのデータの記載法を説明します。
Chapter 3. ChIP-seqとは？
ChIP法と次世代シーケンシングを組み合わせた検出法ChIP-seqは、エピゲノム研究、すなわちゲノムワイドでのタンパク質-DNA相互作用のマッピング研究のための主要な方法の1つになっています。次世代シーケンシングとワークフローについてご紹介します。
Chapter 4. ChIPキット vs. 受託クロマチンプロファイリングサービス
ChIPの実験系を1から立ち上げるのに比べ、ChIPキットは簡単で確実な実験を行えます。また、受託によるクロマチンのプロファイリングサービスについて説明します。
Chapter 5. ChIP実験成功のポイントとは？
ChIP assayの実験手順を成功裏に実施するため、プロセスをステップに分けて実験のポイントを示し、押さえておくべき基本の注意事項を示しました。トラブルシューティングのために実験しながら見直していただけます。
Chapter 6. ChIPに使う抗体を選択しましょう
ChIP-seqで使用される抗体の品質は実験の成功に不可欠です。ChIP gradeと呼ばれる抗体の選択はどのような基準で行われているのか、品質管理はどのように行われるのかを説明します。
Chapter 7. Picoruptor（ピコラプター）と超音波処理法
ChIPを行う際に最適な断片化処理法のひとつとして超音波処理法があります。ここでは超音波処理で得るべき最適な断片の調製法および超音波処理装置Picoruptorと文献を紹介します。
Chapter 8. クロマチン断片化条件を選びましょう
クロマチン断片化には超音波処理装置の条件設定が大事ですが、超音波処理条件は多くのパラメータに左右され、希望の鎖長の断片を得ることは困難です。ここではクロマチン断片化条件の決定のポイントについて説明します。
Chapter 9. 次世代シーケンシングとバイオインフォマティクス
ChIP-seqでは次世代シーケンシングで配列を読む必要がありますが、機器から出力された塩基配列情報を処理・解析するためのコンピューターが必要です。このため、バイオインフォマティクスについての知識が近年ますます重要となってきています。
Chapter 10. ChIP実験マニュアル・ガイド
ChIP実験に関するマニュアル・ガイドをまとめました。Diagenode社で蓄積してきたノウハウやキットのマニュアルを自由にダウンロードしていただけます。実験に取りかかろうとしている方、トラブルの解決策をお探しの場合はこちらをご覧ください。
Chapter 11. ChIPを用いた転写因子の解析
転写因子はDNAに特異的に相互作用し遺伝子の発現を制御するタンパク質の一群です。ChIP-seqやChIP-qPCRが、転写因子と染色体DNAの間の相互作用を解析する実験手法として広く用いられるようになってきました。
Chapter 12. 少量細胞からChIP-seq解析を行う方法
ChIP-seqはタンパク質-DNAの相互作用を解析し、マッピングするためのゴールデンスタンダードとなっていますが、サンプル量が必要で希少サンプルの分析が困難という欠点がありました。この欠点を克服し、10000個の細胞からChIP-seqを実施可能なChIPキットをご紹介いたします。
Chapter 13. CUT&Tag法によるクロマチン構造解析
CUT＆Tagとは、プロテインAと改変組換えTn5トランスポゼースを融合させたpA-Tn5トランスポゼースを使用してタンパク質とゲノムの相互作用を研究する新しい効率的なクロマチンプロファイリングの手法です。CUT&Tag 実験を行うための試薬をご紹介いたします。
Chapter 14. ChIPキットを用いたクロマチン免疫沈降プロトコール
ChIPキットを用いると、自分でバッファーを調製して系を立ち上げるより検討項目も少なく、短い時間で確実な実験が行えます。ここではキットを用いた実際のクロマチン免疫沈降のプロトコールを掲載します。
Chapter 15. 組織サンプルでATAC-seqを行う
ATAC-seqは、クロマチンのオープン領域を特定するために広く用いられる重要な解析手法です。多くの研究分野で使用される手法で、細胞のみならず、生検組織・凍結組織などをサンプルとして実施されることも多いため、サンプル処理の方法が重要です。
ChIP-qPCR法で定量値を計算する方法
ChIP-qPCRで、目的のエピジェネティック・マークがどのくらいあるかを定量する際、どの値を基準として使用し、どのような計算を行うかについて、簡単にまとめました。Chapter 2と併せてご覧ください。
ChIPテクニックQ&A
ChIP実験は多くの検討項目を要する複雑なプロセスです。弊社で開催したChIPワークショップで挙がった質問を中心に、サイエンティストによる質疑応答を掲載します。