Chapter 3. ChIP-seqとは?


Next Generation Sequencer(NGS, 次世代シーケンサー)とは

次世代シーケンサー(NGS, Next Generation Sequencer)は、ランダムに切断された数千万―数億のDNA断片の塩基配列を同時並行的に決定することができる装置です。

断片化した1本鎖のDNAに対して、断片の相補鎖を合成しながら決定する手法(SBS, Sequence-by-Synthesis法)によって、塩基配列を決定します。

当初はゲノム配列のハイスループットな解読を目的に作成された手法ですが、読み取り深度を深めることによって頻度の少ない変異や微量DNAの検出や、ChIPアッセイで得られたDNA断片の網羅的配列決定・解析、転写産物の網羅的配列決定・解析など、広く使われています。

現在、ここに紹介したSBS法を使用したHiseqやMiseqなどのシーケンサーを発売しているイルミナ社、Ion Torrentシリーズを販売しているサーモフィッシャーサイエンティフィック社の製品が多くの研究室で使用されていますが、異色なところではオックスフォードナノポア社が販売する超小型シーケンサであるMinIONも注目されています。

ChIP-seqとは

クロマチン免疫沈降(ChIP)法とハイスループットの大規模並列シーケンシング(次世代シーケンシング、Next Generation Sequencing)を組み合わせた検出法ChIP-seqアッセイは、エピゲノム研究、すなわちゲノムワイドでのタンパク質-DNA相互作用のマッピング研究のための主要な方法の1つになっています。

目的のタンパク質との相互作用によりタンパク質と共に免疫沈降したDNAを網羅的にシーケンシングすることによって、ゲノム上での目的のタンパク質の作用DNA部位・作用遺伝子を明らかにすることが可能です。

ChIP-seq 原理

ChIP-seqからは重要な情報が得られる反面、十分な量のDNAライブラリ構築のため、大量の細胞や組織が必要で腫瘍や胚組織などには適していない欠点があります。

一般には少量の細胞・組織からでもクロマチンDNAを精製でき、シーケンス用ライブラリー構築のためのアダプターを接続可能なキットを用いてサンプルの調製を行います。

NGSライブラリー調製

主要な次世代シークエンシングプラットフォームのほとんどは、シークエンシングの前に 断片化したDNAまたはRNA に特異的なアダプターオリゴをライゲーションする必要があります。

クロマチンDNAが断片化された後、各断片は末端修復され、平滑末端化されます。

次のステップとして、平滑化リン酸化DNAフラグメントの3 ‘末端にdAMPを加えてコンカテマー化を防止し、相補的なdTオーバーハングを有するアダプターのライゲーションを可能にするA-テーリングを行います。

さらに、増幅前または増幅中に多重化を容易にするために、バーコード化アダプターを組み込むこともあります。

これらの処理を行うため、初発DNA量は多く、DNAのロスはできる限り少なく抑えることが望まれます。

少ない細胞数からでもChIP-seqを調製することのできるDiagenode製品としては、True MicroChIP kitとMicroPlex Library Preparation™ kitがあります。

MicroPlex Library Preparation™キットは、ChIP-seqで検証され、ピコグラムオーダーのDNAからライブラリーを作成できる唯一のキットです。

Illumina社のTruSeqに対応したインデックスも搭載しています。

True MicroChIPキットと組み合わせることで、わずか10,000個の細胞からChIP-seqを実施することが可能です。

所要DNA量が少なく、ステップ数が少なく、必要な試薬があらかじめ含まれており、素早く結果を得られます。

こちらもご覧ください

 True MicroChIP kit商品ページ

 MicroPlex Library Preparation Kit v2商品ページ

(グローバルサイトにリンクします)

調製したサンプルを、次世代シーケンサーを用いて同時並行・網羅的に配列決定を行い、得られたデータを分析します。

製品案内

Diagenodeキットセレクタ

Diagenodeグローバルサイトでお客様のニーズに合わせたキットの選択をしていただけます。リンク先で用途をクリックし、詳細をご覧ください。

ChIP-kit

True MicroChIP kit

少ない細胞数からのChIPアッセイを可能とするDiagenode社製ChIPキットです。本キットを使用したChIP-seqライブラリ構築の手順を動画で見ていただけます。

ChIP-kit

iDeal ChIP-seq kit for Histones

Diagenodeの検証済みiDeal ChIP-seqキットは必要な試薬全てを含んでおり、再現性高く結果を得ることができます。複数のヒストンマークについて確認済みのキットです。

ChIP-kit

iDeal ChIP-seq kit for Transcription Factors

DiagenodeのiDeal ChIP-seq for Transcription Factorsキットは、安定した転写因子ChIP-seqの結果を実現するために特化されたキットです。実験結果の例とお客様の声をご覧ください。

ChIP-kit

iDeal Library Preparation Kit x24 (incl. Index Primer Set 1)

最少1 ng DNAからのNGSライブラリー調製を可能とするDiagenode社製NGSライブラリー調製キットです。iDeal ChIP-seqキットと組み合わせて最適な実験を行っていただけます。

ChIP-kit

MicroPlex Library Preparation Kit v2 (12 indices)

MicroPlex Library Preparation™キットは、ChIP-seqで検証され、ピコグラムオーダーのDNAからライブラリーを作成できる唯一のキットです。製品の紹介と製品に関する研究者の声をご覧いただけます。


こちらもご覧ください。

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