ChIP-seq受託解析サービス

LINEで送る
Pocket

Diagenodeは、クロマチンや転写因子とゲノムDNA間の相互作用を次世代シーケンスで解析するChIP-seq受託解析サービスを提供しています。独自のワークフローを通してお客様のサンプルから高品質の分析データを取得、解析を加えた後結果をお手元にお届けします。

お客様のご注文後、サンプル送付から処理、データ取得、解析を包括的にサポートします。

ChIP-seqをもっと身近に

クロマチンDNA調製

お送りいただいたサンプルはPicoruptorテクノロジーを用いて断片化します。再現性とエピトープにダメージを与えない温和な条件が特徴で、これまで3000以上の論文に引用されています。

クロマチン免疫沈降(ChIP)

当社の200以上のChIP/ChIP-seqグレード抗体の中から選んでいただけます。再現性を高めるためフローは自動化され、また最小10,000個の細胞にまで対応します。良好なS/N比が得られるようフローは最適化されています。

ライブラリー調製・シーケンシング

微量DNA (50 pg~) からのライブラリー調製に対応しています。PCRバイアスを極力排し、高いカバレッジを実現しています。シーケンスパラメーターのカスタマイズに対応しております。

バイオインフォマティクス解析

多彩な解析オプションを取り揃えています。

  • 基本解析

    データ統計・リードクリーニング・アラインメント・ピークコール・アノテーション

  • 高次解析(追加オプション解析)

    示差解析・示差遺伝子のアノテーション・結合モチーフ配列解読・GO解析・パスウェイ解析

  • 解析のカスタマイズ

    上記にない解析法をご希望の場合は弊社営業担当者にご相談ください。

FAQ

本受託解析サービスでの必要細胞数は以下の通りです。

1回のChIP実験に必要な標準細胞数

  • 対象を転写因子とした場合:4,000,000個・細胞
  • 対象をヒストンとした場合:1,000,000個・細胞
  • 低細胞数(対象はヒストンのみ):10,000~500,000個・細胞

結果を最大化するため、細胞採取と固定に関するガイドライン (別紙「ChIP-seq解析サンプル調製・送付ガイドライン」)を厳守してください。

Illuminaプラットフォームを用いて、シングルリードで30-50M生リード数/サンプルが得られます。

その他のシーケンシングに関するご要望についてはお問い合わせください。

サービスの流れ

DiagenodeのChIP-seq受託解析サービスでは、お客様の細胞/組織サンプルをお預かりし、Diagenodeの専門チームによる処理および解析を行って結果をお知らせします。

以下にサービスの流れを簡単にご説明いたします。

1. お問い合わせ・お見積り

お見積りをご希望の方は、下のリンク「サンプル情報フォーム」をクリックして、お客様のサンプルについての情報をご入力ください。

送付いただきました情報を基にお見積を作成し、弊社営業担当者より折り返しお見積と解析結果見本をお送りいたします。

正式なお見積は弊社営業担当者、またはご利用の代理店を通してお手元にお届けいたします。

お見積りとともに「Biosafety form」をお送りいたします。サンプル調製・送付ガイドラインでサンプルの受託条件をご確認いただき、サンプルの情報をご記入の上、ご注文前にご返送いただきますようお願いいたします(輸出可否の確認をさせていただきます)。

海外のラボで分析を行います関係上、輸出規制に該当する品目を含むサンプルについてはご相談させていただく場合がございます。

必要に応じて、秘密保持契約・業務委託契約を締結することも可能です。

サンプル調製・送付ガイドライン及びBiosafety formは下のリンクからダウンロードしていただくことも可能です。

①サンプル調製・送付ガイドライン
②Biosafety form

サービスの詳細や、その他のお問い合わせについて(資料請求、秘密保持契約の締結など)は、下リンクよりDiagenode SAグローバルサイト上の「お見積りボタン」をクリックしてお問い合わせください。

ChIP-seq/ChIP-qPCR プロファイリングサービス(グローバルサイト)

2. 注文書送付

受託解析をご依頼される際は注文書を弊社に直接、あるいは代理店を通してお送りいただきます

注文を弊社で受領した段階で次の書類をお送りいたしますので、必要な情報をご記入の上、ご返送ください

・サンプルIDシート

返送いただきましたら弊社で確認の上、分析するサンプルを送付していただくスケジュールを調整・ご連絡させていただきます。

3. サンプル送付

サンプル送付日が決定いたしましたら、サンプル調製・送付ガイドラインに従って分析するサンプルをご準備いただき、弊社にお送りください。

弊社で確認後、Diagenode SAにサンプルを送らせていただきます。

4. 解析作業

Diagenode SAで実施する作業は以下の通りです。

・ソニケーターによるクロマチン・DNAの断片化
断片化条件のバリデーションを行った後、最適な条件でDNAの断片化を行います。バリデーションは2通りの条件を検討します。

・クロマチン免疫沈降
抗体の力価のバリデーションを行い、サンプルに最適な抗体量を使用します。

・ライブラリー調製
・ライブラリーの品質管理

・Illuminaプラットフォーム上での次世代シーケンシング

・バイオインフォマティクスに基づく解析
データ統計・レファレンスゲノムへのアラインメント・ピークコールがサービスに含まれます。

5. 納品物送付

オプションで追加される解析結果データの納品はDiagenode SAから直接お客様に電子メールでお送りいたします。容量の大きいファイルのダウンロードについてはftpサーバーよりダウンロードしていただく形になります。

詳しくはグローバルサイトをご覧いただくか、下のお問い合わせボタンをクリックしてお問い合わせフォームにご入力ください。弊社営業員が折り返しご連絡申し上げます。

エピジェネティクス受託解析サービス

DiagenodeではChIP-seqの他にも多くのエピジェネティクス関連受託サービスを承っております。下のページにてご紹介しておりますので、ご希望の解析に応じてご検討ください。

LINEで送る
Pocket

こちらもご覧ください。

ページトップ