ChIP-seq解析は、ゲノム全体でヒストン修飾と転写因子結合をプロファイリングします。
疾患または薬物治療に対する遺伝子発現の調節を理解することができます。
Diagenodeのエピゲノムプロファイリングサービスは、ChIP-seqを介して様々なクロマチン解析オプションを提供します。
ChIP-seq受託解析サービスの特徴
・ENCODE標準を使用したクロマチンの解析
・ウェットラボサービスと完全なChIP-seq解析
・ プロジェクトデザインはお客様毎にカスタマイズします
・様々なエピゲノムデータを統合して解析できます
・プレゼンテーション品質の図表を提供します
・エキスパートによるバイオインフォマティクス解析を提供します
弊社チームはNGS解析、バイオインフォマティクス及びメチローム、RNA-seqを含むマルチオミクスのモデリングにおける豊富な経験を基にサービスを提供します。
様々な研究対象にご利用いただけます
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20,000細胞数からChIP-seq/ChIP-qPCR ヒストン修飾
・アクティブなプロモーターのプロファイリング: H3K4me3 濃縮 ・非アクティブなプロモーターのプロファイリング: H3K27me3 濃縮 ・エンハンサープロファイリング: H3K4me1 and H3K27ac 調節領域の濃縮 ・活性遺伝子体: H3K36me3
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ChIP-seq/ChIP-qPCR 転写因子
・CTCF: 転写抑制因子およびインシュレーター活性 ・p300/CBP: ヒストンアセチルトランスフェラーゼ ・Pol II, p53, 等 ・エピジェネティック writers, readers, erasers ・核内受容体 ・腫瘍抑制遺伝子
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カスタム次世代シーケンシングサービス
・低インプットライブラリーに対応 ・特定の解析 ・カスタマイズされたプロジェクトデザイン
受託解析でウェットワークはお任せ・ChIP-seqをもっと身近に
Step 1: クロマチン断片化
・断片化条件の最適化
・クロマチン断片化
・等温クロマチン断片化でエピトープを保つ
・均一なフラグメントサイズ分布
Step 2: クロマチン免疫沈降（ChIP）
・ダイアジェノードの ChIP-Seq グレード抗体
・低インプット:≧20,000 細胞/免疫沈降
・最適された ChIP プロトコールと試薬
Step 3: ライブラリー調製・シーケンシング
・低入力ライブラリー調製:最少DNA量≧500 ng～
・最小限のPCR増幅
・特定解析も可能
バイオインフォマティクス解析
多彩な追加解析オプションを取り揃えています。
FAQ
本受託解析サービスでの必要細胞数は以下の通りです。
1回のChIP実験に必要な標準細胞数
- 対象を転写因子とした場合：1,000,000～4,000,000個・細胞
- 対象をヒストンとした場合：＞100,000個・細胞
- 低細胞数（対象はヒストンのみ）：＞20,000個・細胞
結果を最大化するため、細胞採取と固定に関するガイドライン (別紙「ChIP-seq解析サンプル調製・送付ガイドライン」)を厳守してください。
ヒストンと転写因子の解析の場合は固定化済み凍結保存細胞ペレットと凍結保存組織をお送りください。低入力（ヒストン）で解析を行いたい場合は固定化済み凍結保存細胞ペレットのみを承っております。
結果を最大化するため、細胞採取と固定に関するガイドライン (別紙「ChIP-seq解析サンプル調製・送付ガイドライン」)を厳守してください。
Illuminaプラットフォーム（PE50）を用いて、30-50M生リード数／サンプルが得られます。
シーケンス深度など、その他のシーケンシングに関するご要望についてはお問い合わせください。
サービスの流れ
DiagenodeのChIP-seq受託解析サービスでは、お客様の細胞/組織サンプルをお預かりし、Diagenodeの専門チームによる処理および解析を行って結果をお知らせします。
以下にサービスの流れを簡単にご説明いたします。
1. お問い合わせ・お見積り
お見積りをご希望の方は、下のリンク「お見積リクエストフォーム」をクリックして、お客様のサンプルについての情報をご入力ください。
送付いただきました情報を基にお見積を作成し、弊社営業担当者より折り返しお見積と解析結果見本をお送りいたします。
正式なお見積は弊社営業担当者、またはご利用の代理店を通してお手元にお届けいたします。
お見積りとともに「Biosafety form」をお送りいたします。サンプル調製・送付ガイドラインでサンプルの受託条件をご確認いただき、サンプルの情報をご記入の上、ご注文前にご返送いただきますようお願いいたします（輸出可否の確認をさせていただきます）。
海外のラボで分析を行います関係上、輸出規制に該当する品目を含むサンプルについてはご相談させていただく場合がございます。
必要に応じて、秘密保持契約・業務委託契約を締結することも可能です。
・サンプル調製・送付ガイドラインは “必ず” ご一読ください。
・“サンプル調製・送付ガイドライン“ に従っていないサンプルを提出された場合、追加料金が発生する可能性がございます。
サンプル調製・送付ガイドライン及びBiosafety formは下のリンクからダウンロードしていただくことも可能です。
①サンプル調製・送付ガイドライン
②Biosafety form
サービスの詳細や、その他のお問い合わせについて（資料請求、秘密保持契約の締結など）は、下リンクよりDiagenode SAグローバルサイト上の「お見積りボタン」をクリックしてお問い合わせください。
2. 注文書送付
受託解析をご依頼される際は注文書を弊社に直接、あるいは代理店を通してお送りいただきます。
注文を弊社で受領した段階で次の書類をお送りいたしますので、必要な情報をご記入の上、ご返送ください。
・サンプルIDシート
返送いただきましたら弊社で確認の上、分析するサンプルを送付していただくスケジュールを調整・ご連絡させていただきます。
3. サンプル送付
サンプル送付日が決定いたしましたら、サンプル調製・送付ガイドラインに従って分析するサンプルをご準備いただき、弊社にお送りください。
弊社で確認後、Diagenode SAにサンプルを送らせていただきます。
4. 解析作業
Diagenode SAで実施する作業は以下の通りです。
・ソニケーターによるクロマチン・DNAの断片化
断片化条件のバリデーションを行った後、最適な条件でDNAの断片化を行います。バリデーションは2通りの条件を検討します。
・クロマチン免疫沈降
抗体の力価のバリデーションを行い、サンプルに最適な抗体量を使用します。
・ライブラリー調製
・ライブラリーの品質管理
・Illuminaプラットフォーム上での次世代シーケンシング
・バイオインフォマティクスに基づく解析
オプションでのご提供になります。生データの提供までがサービスに含まれます。
5. 納品物送付
オプションで追加される解析結果データの納品はDiagenode SAから直接お客様に電子メールでお送りいたします。容量の大きいファイルのダウンロードについてはftpサーバーよりダウンロードしていただく形になります。
詳しくはグローバルサイトをご覧いただくか、下のお問い合わせボタンをクリックしてお問い合わせフォームにご入力ください。弊社営業員が折り返しご連絡申し上げます。
ダイアジェノードポータルサイト（diagenode.co.jp）に掲載のサービス情報は、実際のサービス内容と異なる場合があります。情報の更新がある場合、お問い合わせ時に詳しくご案内させていただきます。
エピジェネティクス受託解析サービス
DiagenodeではChIP-seqの他にも多くのエピジェネティクス関連受託サービスを承っております。下のページにてご紹介しておりますので、ご希望の解析に応じてご検討ください。
