ChIP-seqやChIP-qPCR等、クロマチン免疫沈降を用いた実験手法は手順が多く、経験やノウハウの積み上げが実験の成功を左右します。
DiagenodeではChIPに関する豊富な知見を基に、弊社サイエンティストによるワークショップを開催しています。
このテクニカルワークショップに寄せられた質問を中心に、皆様のChIP実験テクニックに関する質問に対する回答・アドバイスを、毎週一回、このページでご紹介していきます。
全般 (3)
ChIP-qPCRはしばしば濃縮度の低いIPサンプルに対しても分析可能な場合がありますが、ChIP-seqは大量のデータが分析の結果として生じるため、S/N比を向上させ、信頼性の高いデータを得るために濃縮度の高いIPサンプルが必要です。
そのため、ChIP-qPCRで使用した抗体の中には、ChIP-seqでは十分な濃縮度が得られず推奨できないものが含まれる場合があります。
しかしながら、一般的にChIP-qPCRでよい結果が得られている場合、ChIP-seqでも十分なシーケンス結果を得ることは可能です。
逆にChIP-seqでよい結果が得られているにもかかわらず、低品質のプライマーや未知のアニール部位のためにqPCRがうまくいかず、ChIP-qPCRの結果が良くないケースも見られますので、そのような場合はqPCRの系が機能しているか十分再検討することをお勧めします。
植物のサンプルで転写因子を対象としたChIPを行う場合は、植物用のDiagenode Universal Plant ChIP-seq kitをお使いください。
サンプルの断片化条件の検討にはChromatin EasyShear Kit for Plantをご利用ください。
超音波処理 (2)
クロスリンク・脱クロスリンク (3)
はい、脱クロスリンクが効率的に行われた後であればどのような精製法でも有効です。
弊社では短時間で効率よい精製が可能なiPure kit v2（ビーズベース）かDiaPure columnsをお勧めしています。
