タグ付きタンパク質については、良好なコントロールの選択が実際に重要なためケースバイケースで考慮される必要があります。
ChIPワークフローの全体的な成功の確認には通常のCTCFまたはPolIIおよびIgGコントロールを使用できます。
また、KO/突然変異体の細胞系使用や、同じタグを有する異なるタンパク質の使用などもコントロールとして有益と考えられます。
ターゲットとなるタンパク質がどこに結合しているかがあらかじめわかっている場合は、qPCRプライマーは結合部位とエピトープのない領域上にそれぞれ設計することが可能です。
