次世代シーケンスをマルチプレックス化する

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次世代シーケンシングはランダムに断片化したDNAを大規模・同時並行的にシーケンスすることによって、一度に大量の配列決定を行うことが可能な手法です。また、サンプルのバーコーディングと情報処理を組み合わせたマルチプレックス化を行うことによって、複数個体を同じシーケンスランで配列決定することが可能となっています。

多種類のサンプルよりシーケンス用のライブラリーを調製した後、それらをプールしてシーケンスし結果をサンプル毎に再構築するためには、サンプル毎にインデックスと呼ばれるバーコード配列を付加してライブラリーを調製します。プールしたライブラリーを網羅的に配列決定した後、解析段階で情報処理することによって元の配列を分離します。

Microplex Library Prep kit

Diagenodeの次世代シーケンス用ライブラリー調製キットであるMicroplex Library Preparation kitは少量のサンプルからでも簡単に高品質のシーケンス結果が得られるライブラリー調製キットです。

エピジェネティクス分野では少量の組織サンプルからクロマチンDNAを精製するためインプットが少ないことが悩みの種ですが、True MicroChIP kitと組み合わせることによって10000個の細胞からのChIP-seqを行うことができます。

Microplex Library Prep kit ver. 2はシングルインデックスを同梱しており、12サンプルまでのマルチプレックス化に対応しています。

Index hoppingとUnique Dual Index (UDI)

さらに多くのサンプルをマルチプレックス化してシーケンス解析する場合、2か所のインデックス箇所を用い、数種類の配列を組み合わせてサンプル個体を識別します。このバーコーディング手法をデュアルインデックスと呼びます。

多サンプルのマルチプレックス化を行うことにより、1ランで複数個体の配列決定を行える利点があります。その反面、ライブラリーをプールすることにより、シーケンス反応中にライブラリーのインデックス部分が遊離のインデックス配列などと組み変わり、プール中の他サンプル由来の配列情報が結果に混入するIndex hoppingと呼ばれる現象が生じることが知られています。

Index hoppingにより目的のライブラリーと異なるライブラリーから混入する配列の割合は0.2~6%程度と言われており、また特にNovaSeq6000を用いたシーケンスにおいて多く見られる現象です。

Diagenodeではこれに対応し、Microplex Library Prep kit用にUnique Dual Index (UDI)をご用意いたしました。下図で一般的なデュアルインデックスと比較した際のUDIによるIndex hopping 除外の概要を示します。

各固有のライブラリー毎に、両端へユニークなインデックスを導入してシーケンスを行い、組換えが生じた配列を検出して除外することによってIndex hoppingの生じた配列の混入を大幅に排除したシーケンス結果が得られます。

Unique Dual Index for Microplex kitはIllumina社の次世代シーケンサーに対応し、Microplex Library Prep kitで使用するために設計されたユニークデュアルインデックスキットです。

それぞれ24組の固有のインデックスを含み、各24サンプルまで、Set1, 2合わせて最大48サンプルのマルチプレックス化が可能です。デュアルインデックスに対応したMicroplex Library Prep kit ver. 3と組み合わせてご使用ください。

 24 Unique Dual Indexes for Microplex kit ver. 3 set 1
 24 Unique Dual Indexes for Microplex kit ver. 3 set 2

また、24 UDI for Tagmented librariesはタグメンテーションベースでライブラリーを調製する際に使用できるユニークデュアルインデックスです。

本製品Set 1はIllumina社の次世代シーケンサーに対応し、24サンプルまでのマルチプレックス化が可能です。デュアルインデックスに対応したμChIPmentation for Histones (Cat. No. C01011011) や TAG Kit for ChIPmentation (Cat. No. C01011030)と組み合わせてご使用いただけますが、ATAC-seq、CUT&Tag法などにもご使用いただけます。

 24 UDI for Tagmented libraries set I

UDI以外にMicroplex kitで使用されるために設計された96サンプル用デュアルインデックスのセットも取り揃えております。20種のインデックスを組み合わせて96種類(12×8)のサンプルを識別します。

Illumina社の次世代シーケンサーに対応し、Set I, II, III, IV合わせて最大384サンプルのマルチプレックス化が可能です。デュアルインデックスに対応したMicroplex Library Prep kit ver. 3と組み合わせてご使用ください。

 96 Dual Indexes for Microplex kit ver. 3 set I
 96 Dual Indexes for Microplex kit ver. 3 set II
 96 Dual Indexes for Microplex kit ver. 3 set III
 96 Dual Indexes for Microplex kit ver. 3 set IV
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