ATAC-seq（シーケンシングを用いたトランスポザーゼ – アクセシブルクロマチンのアッセイ）は、Tn5トランスポザーゼを使用する事で、ゲノムワイドなクロマチンアクセシビリティの評価を可能にします。
また、Tn5トランスポザーゼは 露出したオープンクロマチンを切断し、その後の増幅および配列決定のためにアダプターを連結します。
活性調節領域（プロモーター、エンハンサー、活発に転写される遺伝子）の研究に使用され、遺伝子調節に関与するエピジェネティックなメカニズムを明らかにします。
細胞の運命の変化、さまざまな治療条件における特定の疾患の発症に関与する転写因子の研究にご利用いただけます。
Diagenodeでは、プロモーター・エンハンサー・インシュレーターが結合するオープンクロマチン領域を選択的に検出し、遺伝子転写調節機構の解析方法として広く注目を浴びているATAC-seqの受託解析サービスを提供しております。
ATAC-seq受託解析サービスの特徴
・少数の細胞からオープンクロマチン部位の解析を可能にします
・抗体を使用しない手法です
・ChIP-seqと比較して低コスト
・ダイアジェノード製カスタムTagmentaseを使用します
弊社チームはNGS解析、バイオインフォマティクス及びメチローム、RNA-seqを含むマルチオミクスのモデリングにおける豊富な経験を基にサービスを提供します。
受託解析でウェットワークはお任せ・ATAC-seqをもっと身近に
Step 1: 核の単離とtagmentation
・核単離条件の最適化
・核の単離
・核溶解
・Diagenodeタグメンテーション消化
Step 2: ライブラリー調製
・ライブラリー増幅
・ライブラリー精製
・ATAC-seqライブラリーの品質管理
・ライブラリープーリング
Step 3: シーケンシング (Illumina社プラットフォーム使用)
・オープンクロマチンマッピング実施の場合、ペアエンド 50bp, 1サンプル当たり平均40Mリード取得
バイオインフォマティクス解析
多彩な追加解析オプションを取り揃えています。
FAQ
本受託解析サービスでの必要細胞数は以下の通りです。
1回のATAC-seq実験に必要な細胞数
- 200,000～1,000,000個・細胞
- (細胞生存率：95%）
結果を最大化するため、細胞採取と固定に関するガイドライン (別紙「ATAC-seq 解析 サンプル調製・送付ガイドライン」)を厳守してください。
凍結保存組織、または凍結保存全細胞をお送りください。
結果を最大化するため、細胞採取と固定に関するガイドライン (別紙「ChIP-seq解析サンプル調製・送付ガイドライン」)を厳守してください。
反復実験を含めて、最低6サンプルより承っております。
ATAC-seq受託解析サービスの流れ
DiagenodeのATAC-seq受託サービスでは、お客様の細胞・組織をお預かりし、Diagenodeの専門チームによる処理および解析を行って結果をお知らせします。
以下にサービスの流れを簡単にご説明いたします。
1. お問い合わせ・お見積り
お見積りをご希望の方は、下の「お見積リクエストフォーム」リンクをクリックしてお客様のサンプルについての情報をご入力ください。
送付いただきました情報を基にお見積を作成し、弊社営業担当者より折り返しお見積をお送りいたします。
お見積と共に、サービスガイドライン及び解析結果の見本もお送りいたします。
サービスガイドラインは上のリンクからもダウンロード可能です。
正式なお見積りは弊社営業担当者、またはご利用の代理店を通してお手元にお届けいたします。
お見積りとともに「Biosafety form」をお送りいたしますので、サンプル調製・送付ガイドラインでサンプルの受託条件をご確認の上、サンプルの詳細情報をご記入いただけますようお願いいたします（輸出可否の確認をさせていただきます）。
海外のラボで分析を行います関係上、輸出規制に該当する品目を含むサンプルについてはご相談させていただく場合がございます。
必要に応じて、秘密保持契約・業務委託契約を締結させていただくことも可能です。
・サンプル調製・送付ガイドラインは “必ず” ご一読ください。
・“サンプル調製・送付ガイドライン“ に従っていないサンプルを提出された場合、追加料金が発生する可能性がございます。
サンプル調製・送付ガイドライン及びBiosafety formは下のリンクからダウンロードしていただくことも可能です。
①サンプル調製・送付ガイドライン
②Biosafety form
サービスの詳細や、その他のお問い合わせについて（資料請求、秘密保持契約の締結など）は、Diagenode SAグローバルサイト上の「お見積りボタン」をクリックしてお問い合わせください。
2. 注文書送付
受託解析をご依頼される際は注文書を弊社に直接、あるいは代理店を通してお送りいただきます。
注文を弊社で受領した段階で次の書類をお送りいたしますので、必要な情報をご記入の上、ご返送ください。
・サンプルIDシート
・（サンプルIDシート記入例）
返送いただきましたら弊社で確認の上、分析するサンプルを送付していただくスケジュールを調整・ご連絡いたします。
3. サンプル送付
サンプル送付日が決定いたしましたら、サンプル調製・送付ガイドラインに従ってサンプルをご準備いただき、弊社にお送りください。
弊社で確認後、Diagenode SAにサンプルを送付いたします。
サンプル調整・送付ガイドラインの内容は下のリンクからダウンロードしていただくことが可能です。
4. 解析作業
Diagenode SAで実施する作業は以下の通りです。
・サンプルの品質管理
サンプルに不備があった場合はこの段階で追加のサンプル提供についてご相談させていただきます。
・テスト用サンプルによる核抽出条件の最適化
・細胞・組織の可溶化
・TDE1タグメンテーション
・ライブラリーの調製と品質管理
・次世代シーケンス
・バイオインフォマティクスに基づく解析
5. 納品物送付
解析結果データの納品はDiagenode SAから直接お客様に電子メールでお送りいたします。容量の大きいファイルのダウンロードについてはftpサーバーよりダウンロードいただく形になります。
詳しくはグローバルサイトをご覧いただくか、下のお問い合わせボタンをクリックしてお問い合わせフォームにご入力ください。弊社営業員が折り返しご連絡申し上げます。
ダイアジェノードポータルサイト（diagenode.co.jp）のサービス情報は、実際のサービス内容と異なる場合があります。情報の更新がある場合、お問い合わせ時に詳しくご案内させていただきます。
エピジェネティクス受託解析サービス
DiagenodeではATAC-seqの他にも多くのエピジェネティクス関連受託サービスを承っております。下のページにてご紹介しておりますので、ご希望の解析に応じてご検討ください。
