Diagenodeは、RNA-seqによるトランスクリプトーム解析やmRNA発現解析を提供するRNA-seq受託解析サービスを提供しています。独自のワークフローを通してお客様のサンプルから高品質の分析データを取得、解析を加えた後結果をお手元にお届けします。
お客様のご注文後、サンプル送付から処理、データ取得、解析を包括的にサポートします。
４つのオプションを提供します
ハイスループット3’mRNA-seq
mRNAの3’側を含むライブラリーを作成してシーケンスすることにより、多サンプル由来mRNAの発現量計数に特化した手法です。解読塩基数を大幅に節約し、コストを低減することが可能です。発現プロファイリング解析・発現変動解析にご利用いただけます。
Web Link：https://www.diagenode.com/en/p/high-throughput-3mrna-seq-services
| サービス内容 | ・ライブラリー調製 ・次世代シーケンシング 平均400万リード/1サンプル（SE50) ・生データを納品 |
| 必要サンプル数 | 96サンプルから受付*（96の倍数で承っております） サービスのお試し用に24サンプルからのご注文も受け付けます |
| 必要サンプル量 | 最小：200-400 ng total RNA 最適：200-400 ng total RNA |
| *最小サンプル数以下の解析のお見積をご希望の方はお問い合わせください。 | |
| 価格（/1サンプル、24サンプルパイロット研究時） | ¥29,000 (QCなし) |
| 価格（/1サンプル、96サンプル～） | ¥15,000～¥24,000 (QCなし) |
| サンプル受入QC**（/1サンプル、Qubit+tape stationで実施） | ¥6,000 |
| **サンプル受入QCはオプションです | |
| セットアップ費 96サンプル～ | ¥149,000 |
| セットアップ費 24サンプル | ¥149,000 |
| セットアップ費 96サンプル～ | ¥198,000 |
| セットアップ費 24サンプル | ¥198,000 |
サンプル送付時の注意事項
・20 ng/μL以上の濃度の単離total RNA溶液10 μL以上をお送りください。
・total RNAの輸送容器は96-well plates (low bind, RNase free, Eppendorf, 0030129504)をご使用ください。
・発現変動解析を行うRNAサンプルについては、比較対象となるサンプルが上限96サンプルとなる一つのライブラリー中で解析可能となるよう調整していただきます。サンプル数が多く、1つのライブラリーに入らない場合は適宜複数のライブラリーに分割いたします。
mRNA-seq
polyA選択されたRNAを含むライブラリーを調製してシーケンスする手法で、新しい転写産物や選択的スプライスサイト、遺伝子融合など3’mRNA-seqでは検出できないイベントを検出できます。幅広いインプット量に対応します。
| サービス内容 | ・polyA RNA精製、rRNA除去、ライブラリー調製 ・次世代シーケンシング 平均2500-3000万リード/1サンプル（PE50) ・生データを納品 |
| 必要サンプル数 | 24サンプルから受付*（24の倍数で承っております） |
| 必要サンプル量 | 最小： 10 ng total RNA 最適：100 ng |
| *最小サンプル数以下の解析のお見積をご希望の方はお問い合わせください。 | |
| 価格（/1サンプル） | ¥55,000 |
| セットアップ費 | ¥149,000 |
| 解析費／1サンプル | ¥6,000 |
| セットアップ費 | ¥198,000 |
| 解析費／1サンプル | ¥9,000 |
Small ncRNAとmiRNA解析
Small noncoding RNAとmiRNAを含むライブラリーを作成してシーケンスします。独自プラットフォームであるD-Plexテクノロジーを用い、スモールncRNAの発現解析が可能です。転写後発現調節の研究にご利用いただけます。
Web Link：https://www.diagenode.com/en/p/small-rna-seq-services
| サービス内容 | ・ライブラリー調製 ・次世代シーケンシング miRNA: 平均1000万リード/1サンプル（SE75) sncRNA: 平均2000万リード/1サンプル（PE50) ・生データを納品 |
| 必要サンプル数 | miRNA: 10サンプルから受付* sncRNA: 1サンプルから受付 |
| 必要サンプル量 | 最小：10 ng total RNA 生体液由来サンプルの場合はお問い合わせください |
| *最小サンプル数以下の解析のお見積をご希望の方はお問い合わせください。 | |
| 価格（/1サンプル） | miRNA: ¥58,000 sncRNA: ¥66,000 |
Total RNA-seq (lncRNAを含む全トランスクリプトーム解析)
コーディング・ノンコーディングRNAを含むライブラリーを作成してシーケンスします。オプションでrRNAの除去を行います。lncRNAの解析を通じて遺伝子構造・転写後発現調節・クロマチンリモデリングなど幅広い研究にご利用いただけます。
Web Link：https://www.diagenode.com/en/p/rna-seq-services (グローバルサイト)
| サービス内容 | ・ライブラリー調製 ・次世代シーケンシング 平均4500-5000万リード/1サンプル（PE50) ・生データを納品 |
| 必要サンプル数 | 24サンプルから受付*（24の倍数で承っております） |
| 必要サンプル量 | 最小：5 ng total RNA 最適：100 ng total RNA |
| *最小サンプル数以下の解析のお見積をご希望の方はお問い合わせください。 | |
| 価格（/1サンプル） | ¥78,000 |
| セットアップ費 | ¥149,000 |
| 解析費／1サンプル | ¥6,000 |
| セットアップ費 | ¥198,000 |
| 解析費／1サンプル | ¥9,000 |
サンプル送付時の注意事項
・5 ng(ヒト、マウス、ラット由来)、100 ng(植物由来)以上のtotal RNAをお送りください。
・lncRNAの解析はヒト、マウス、ラット由来サンプルのみに限らせていただいております。
FAQ
本受託解析サービスでは以下の生物種について解析いたします。
miRNA、sncRNA、mRNA、3′-mRNA：全生物種
lncRNA (total RNA)：ヒト・マウス・ラットのみ
ご希望の方はRNA抽出をご依頼の旨、お問い合わせ時にお申し出ください。
サンプルの種類を明確にお知らせください。受入を実施するサンプルの種類は細胞・組織・生体液（リキッドバイオプシー）・FFPEです。
FFPEはlncRNA (total RNA)でのみ受け付けます（mRNA-seqを実施することはできません）。
また、品質の低いサンプルについては3′-mRNA-seqで承ります。
正確な実験結果を得るため、反復実験の数をご依頼になるサンプルの数に含めてください。1試験条件あたり最小3回以上の反復実験を実施することを推奨しております。
分析したい分子種に応じたシーケンシングができるのはもちろんですが、基本的なmRNAの発現解析、深度を上げた少量転写産物の解析、新規RNA分子種の発見など目的を絞ってご依頼ください。
本受託解析ではスタンダード解析とアドバンスト解析2種のバイオインフォマティクス解析をご利用いただけます。
スタンダード解析
・リファレンス配列へのアラインメントと発現量算出
アドバンスト解析
スタンダード解析に加えて
・発現量比較解析
・Unsupervised analysis (クラスタリング・主成分解析)
・Gene Ontology （GO解析）and/or Pathway Enrichment Analysis of differential expressed genes
・機械学習（大きなデータセット・データ統合に最適）
をご選択いただけます。
その他、特殊な解析をご希望のお客様には、弊社バイオインフォマティクスチームがカスタムで解析パイプラインを追加いたします。
マルチオミクスのプロジェクトで、複数の実験結果を統合したい（例えばWGBSとRNA-seqのデータを統合したい場合など）ケースも対応可能ですので、ご相談ください。
料金は
スタンダード解析は1注文あたり1セットアップ費 ＋サンプル当たりの解析費
アドバンスト解析の場合は1注文あたり1セットアップ費 ＋1群間比較あたりの解析費
となっております。
弊社で推奨している各解析の推奨取得リード数は以下の通りです。
・3’mRNAの解析：4M reads
・miRNA、sncRNAの解析：10-20M reads
・mRNAの解析：25-30M reads
・lncRNAの解析：45-50M reads
サービスの流れ
DiagenodeのRNA-seq受託解析サービスでは、お客様が抽出したtotal RNAサンプルをお預かりし、Diagenodeの専門チームによる処理および解析を行って結果をお知らせします。
以下にサービスの流れを簡単にご説明いたします。
1. お問い合わせ・お見積り
お見積りをご希望の方は、下のリンク「お見積リクエストフォーム」をクリックして、お客様のサンプルについての情報をご入力ください。
送付いただきました情報を基にお見積を作成し、弊社営業担当者より折り返しお見積と解析結果見本をお送りいたします。
正式なお見積は弊社営業担当者、またはご利用の代理店を通してお手元にお届けいたします。
お見積りとともに「Biosafety form」をお送りいたします。サンプル調製・送付ガイドラインでサンプルの受託条件をご確認いただき、サンプルの情報をご記入の上、ご注文前にご返送いただきますようお願いいたします（輸出可否の確認をさせていただきます）。
海外のラボで分析を行います関係上、輸出規制に該当する品目を含むサンプルについてはご相談させていただく場合がございます。
必要に応じて、秘密保持契約・業務委託契約を締結することも可能です。
サンプル調製・送付ガイドライン及びBiosafety formは下のリンクからダウンロードしていただくことも可能です。
mRNA-seq/ total RNA-seq
②サンプル調製ガイドライン
③サンプル送付ガイドライン
④Biosafety form
サービスの詳細や、その他のお問い合わせについて（資料請求、秘密保持契約の締結など）は、下リンクよりDiagenode SAグローバルサイト上の「お見積りボタン」をクリックしてお問い合わせください。
2. 注文書送付
受託解析をご依頼される際は注文書を弊社に直接、あるいは代理店を通してお送りいただきます。
注文を弊社で受領した段階で次の書類をお送りいたしますので、必要な情報をご記入の上、ご返送ください。
・サンプルIDシート
返送いただきましたら弊社で確認の上、分析するサンプルを送付していただくスケジュールを調整・ご連絡させていただきます。
3. サンプル送付
サンプル送付日が決定いたしましたら、サンプル調製・送付ガイドラインに従ってゲノムDNAサンプルをご準備いただき、弊社にお送りください。
弊社で確認後、Diagenode SAにサンプルを送らせていただきます。
4. 解析作業
Diagenode SAで実施する作業は以下の通りです。
・サンプルの品質管理（オプション）
RINとRNA濃度の決定を行います。サンプルに不備があった場合はこの段階で追加のサンプル提供についてご相談させていただきます。
・polyA RNA精製とrRNA除去
・ストランド化・マルチプレックスライブラリーの調製
・ライブラリーの品質管理
・Illuminaプラットフォーム上での次世代シーケンシング
・バイオインフォマティクスに基づく解析（オプション）
5. 納品物送付
オプションで追加される解析結果データの納品はDiagenode SAから直接お客様に電子メールでお送りいたします。容量の大きいファイルのダウンロードについてはftpサーバーよりダウンロードしていただく形になります。
詳しくはグローバルサイトをご覧いただくか、下のお問い合わせボタンをクリックしてお問い合わせフォームにご入力ください。弊社営業員が折り返しご連絡申し上げます。
エピジェネティクス受託解析サービス
DiagenodeではRNA-seqの他にも多くのエピジェネティクス関連受託サービスを承っております。下のページにてご紹介しておりますので、ご希望の解析に応じてご検討ください。
