全ゲノムバイサルファイトシーケンス（WGBS）と酵素メチル化シーケンス（EM-seq）は、ゲノム全体のほぼすべてのCpG部位のメチル化パターンを評価し、包括的なDNAメチル化プロファイリングを得るために選択される方法です。
同じ場所の変換されていないシトシンと変換されたシトシンの割合を比較することで、メチル化レベルを正確に決定することができます。
ゲノムワイドメチル化シーケンス（WGBSおよびEM-seq）は、遺伝子制御に関する深い洞察をもたらし、新規エピジェネティックマーカーや疾患の標的を特定することができます。
Diagenodeは、全ゲノム上のDNAメチル化部位の状態を一塩基単位の解像度で網羅的に解析する手法であるWGBS受託解析サービス＋酵素的メチル変換法を用いたEM-seqの受託を提供しています。
独自のワークフローを通してお客様のサンプルから高品質の分析データを取得、解析を加えた後結果をお手元にお届けします。
メチル化情報をクロマチン状態の情報と併せて評価することが可能なChIP-Bis-Sequencingなどの手法についても、弊社のワークフローでライブラリー調製が可能であることが確認されています。
お客様のご注文後、サンプル送付から処理、データ取得、解析を包括的にサポートします。
WGBS/EM-seq受託サービスの特徴
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弊社チームはNGS解析、バイオインフォマティクス及びメチローム、RNA-seqを含むマルチオミクスのモデリングにおける豊富な経験を基にサービスを提供します。
全ゲノム上のメチル化部位を1塩基の分解能で網羅的に解析します
Step 1: ゲノムDNAの品質チェック
・DNAの濃度測定
・DNAの品質評価
Step 2: ライブラリー調製
WGBS Steps:
・Picoruptorを用いたgDNAのせん断・断片化 (cfDNA、 FFPEの場合不要)
・バイサルファイト処理
・ライブラリー調製
・WGBSライブラリーのQCチェック (DNA濃度、鎖長プロファイルの確認)
EM-seq Steps:
・Picoruptorを用いたgDNAのせん断・断片化 (cfDNA、 FFPEの場合不要)
・酵素的塩基変換とライブラリー調製
・EM-seqライブラリーのQCチェック (DNA濃度、鎖長プロファイルの確認)
Step 3: シーケンシング(Illumina社プラットフォーム使用)
・ペアエンド150bp 1サンプル当たり平均400 Mi raw reads取得 理論カバレッジ >30x – 100 Gb
バイオインフォマティクス解析
多彩な追加解析オプションを取り揃えています。
本受託解析サービスでの必要DNA量は以下の通りです。
1回のWGBS/EM-seq実験に必要なDNA量
- 最小必要量20ng (抽出ゲノムDNA) 以上の量が必要です。5 ng/ul 以上の濃度のDNA溶液を50 μL 以上お送りください。
DNAは蛍光分析法で定量してください。また、結果を最大化するため、ガイドライン (別紙「サンプル調製・送付ガイドライン」)を厳守してください。
FFPE、組織、細胞、全血、血漿、尿、cfDNAに対応します。
結果を最大化するため、ガイドライン (別紙「サンプル調製・送付ガイドライン」)を厳守してください。
サービスの流れ
DiagenodeのWGBS受託解析サービスでは、お客様のゲノムDNAサンプルをお預かりし、Diagenodeの専門チームによる処理および解析を行って結果をお知らせします。
以下にサービスの流れを簡単にご説明いたします。
1. お問い合わせ・お見積り
お見積りをご希望の方は、下のリンク「お見積リクエストフォーム」をクリックして、お客様のサンプルについての情報をご入力ください。
送付いただきました情報を基にお見積を作成し、弊社営業担当者より折り返しお見積と解析結果見本をお送りいたします。
正式なお見積は弊社営業担当者、またはご利用の代理店を通してお手元にお届けいたします。
お見積りとともに「Biosafety form」をお送りいたしますので、サンプル調製・送付ガイドラインでサンプルの受託条件をご確認の上、サンプルの詳細情報をご記入いただけますようお願いいたします（輸出可否の確認をさせていただきます）。
海外のラボで分析を行います関係上、輸出規制に該当する品目を含むサンプルについてはご相談させていただく場合がございます。
必要に応じて、秘密保持契約・業務委託契約を締結することも可能です。
・サンプル調製・送付ガイドラインは “必ず” ご一読ください。
・“サンプル調製・送付ガイドライン“ に従っていないサンプルを提出された場合、追加料金が発生する可能性がございます。
サンプル調製・送付ガイドライン及びBiosafety formは下のリンクからダウンロードしていただくことが可能です。
①サンプル調製・送付ガイドライン
②Biosafety form
サービスの詳細や、その他のお問い合わせについて（資料請求、秘密保持契約の締結など）は、下リンクよりDiagenode SAグローバルサイト上の「お見積りボタン」をクリックしてお問い合わせください。
2. 注文書送付
受託解析をご依頼される際は注文書を弊社に直接、あるいは代理店を通してお送りいただきます。
注文を弊社で受領した段階で次の書類をお送りいたしますので、必要な情報をご記入の上、ご返送ください。
・サンプルIDシート
返送いただきましたら弊社で確認の上、分析するサンプルを送付していただくスケジュールを調整・ご連絡させていただきます。
3. サンプル送付
サンプル送付日が決定いたしましたら、サンプル調製・送付ガイドラインに従って分析するサンプルをご準備いただき、弊社にお送りください。
弊社で確認後、Diagenode SAにサンプルを送らせていただきます。
4. 解析作業
Diagenode SAで実施する作業は以下の通りです。
・ゲノムDNAの品質管理
・ライブラリー調製
・免疫沈降操作
・ライブラリーの品質管理
・次世代シーケンシング
・バイオインフォマティクスに基づく解析
品質管理・レファレンスゲノムへのアラインメント・メチル化コーリングがサービスに含まれます。
5. 納品物送付
オプションで追加される解析結果データの納品はDiagenode SAから直接お客様に電子メールでお送りいたします。容量の大きいファイルのダウンロードについてはftpサーバーよりダウンロードしていただく形になります。
詳しくはグローバルサイトをご覧いただくか、下のお問い合わせボタンをクリックしてお問い合わせフォームにご入力ください。弊社営業員が折り返しご連絡申し上げます。
ダイアジェノードポータルサイト（diagenode.co.jp）のサービス情報は、実際のサービス内容と異なる場合があります。情報の更新がある場合、お問い合わせ時に詳しくご案内させていただきます。
エピジェネティクス受託解析サービス
DiagenodeではChIP-seqの他にも多くのエピジェネティクス関連受託サービスを承っております。下のページにてご紹介しておりますので、ご希望の解析に応じてご検討ください。
