ChIPアッセイおよび次世代シークエンシングのためのシェアリング
―――Vol.2 2017.10.15―――
- ) お知らせ
- ) 学会展示情報
- ) エピジェネティクス実験Tips
- ) 関連製品
- ) 関連情報
- ) キャンペーン
1) お知らせ
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- エピジェネティクス研究、最新製品やプロトコールなど最新情報をご提供
2) 学会展示情報
- 第４回北陸エピジェネティクス研究会
日時：平成29年11月13日（月）～14日（火）
場所：金沢大学宝町キャンパス
- Consortium of Biological Sciences 2017 (ConBio2017)
2017生命科学系学会合同年次大会
日時：平成29年12月6日（水）～8日（金)
場所：神戸ポートアイランド
3) エピジェネティクス実験Tips
「ChIPアッセイおよび次世代シークエンシングのためのシェアリング」
シェアリング（断片化）の重要性
核酸の断片化は、多くの分子生物学技術の前処理として欠かすことの出来ない重要なステップです。例えば、DNAの断片化は、次世代シークエンスライブラリーの作製に不可欠なステップですが、最適なライブラリーを作製するために、インプットするDNAの品質は非常に重要です。 特に、DNAをランダムかつ効率的にせん断することで、100-500bpの最適な断片化サイズ（シークエンシングプラットフォームによる）に調製することは、精度と信頼性の高いNGS結果を得るために不可欠です。
同様に、クロマチン免疫沈降でも断片化が必要です。ChIPの前処理として、クロマチン（主にDNAとタンパク質の複合体）を狭いターゲット範囲に分布した断片化クロマチンに調製する必要があります。
超音波破砕機の種類
超音波破砕は、クロマチンおよびDNAの断片化に広く用いられています。この技術は、音響キャビテーションおよび流体力学における原理により断片化を行います。以下に記載されているように、様々なタイプの超音波破砕システムがあります。各方法の簡単な説明とその利点と欠点を比較しました。
- ) プローブ式ソニケーター： プローブ式ソニケーターは試料とプローブを直接接触することで、超音波（せん断力）を集中させることができ、特定の用途に有用です。一方、試料が少量の場合に泡が発生しやすく問題になります。また、破砕力を集中させることは試料の加熱を引き起こし、さらに、試料と直接接触することでコンタミネーションに繋がる可能性があります。多くの場合、プローブ式ソニケーターによる超音波破砕は、非常に不均一で条件が変動し易いため、正確なサイズ分布を達成するためには慎重なキャリブレーションが必要です。
- ) 集中照射型ソニケーター： 集中照射型ソニケーター(Focused Ultra-Sonicators)は、高出力ビームを試料に直接照射することで断片化します。多検体サンプルを同時処理するよりもむしろ単一サンプルの処理に用いられます。確実性の高い断片化法がない中で、集中照射型ソニケーターは次世代シークエンシング用のゲノムDNAの断片化やChIPアッセイ用のクロマチンの断片化において頻繁に使用されるようになりました。 この方法では、高出力ビームおよび熱により高度に断片化されますので試料の品質自体は低くなります。特に、サンプルのインプット量が少ない場合や転写因子の実験には向いていません。
- ) 超音波破砕機「Bioruptor」： Bioruptorは超音波素子から発生する超音波を水を介して間接的に試料に作用させる方法を採用しています。キャビテーションと呼ばれる現象により泡を発生させることで、クロマチンまたはDNAを断片化します。 もともとは、細胞溶解やタンパク質ホモジナイゼーションなどの一般的なラボ実験用に設計されており、自動化された冷却システムが付属していないため、次世代シークエンシングやChIP-seqに必要なフラグメントサイズへの精度良いコントロールが困難な場合があります。より精度の高い超音波破砕法の開発に先立ち、BioruptorはクロマチンやDNAの断片化を行うために多くの研究者の皆様に利用されてきました。
- ) 超音波破砕機「Picoruptor」： Picoruptorはキャビテーションを利用してクロマチンまたはDNAを断片化する装置で、Bioruptorの後継機種です。Picoruptorは、穏やかな条件下で超音波を集中的に作用させる方法と、自動冷却システムを組み合わせた装置です。この特長により、DNAやクロマチンと形成された複合体、例えば、タンパク質 – タンパク質結合、タンパク質-DNA複合体、その他の生化学的または生物学的アッセイ系をそのまま維持するのに効果があります。また、Picoruptorでは、超音波処理水槽の中の水全体を超音波にさらすことで、最大で16サンプルを効率的に並行して超音波処理することが可能です。Picoruptorは、集中照射型ソニケーター、プローブ式ソニケーター、カップホーン式ソニケーターやBioruptorよりも、ChIP-seq、次世代シーケンシングに適した高品質なクロマチンやゲノムDNAをより高収量で得ることが出来ます。
4) 関連製品
- Picoruptor Sonicator
https://www.diagenode.com/p/bioruptor-pico-sonication-device - Chromatin Shearing Optimization kits
https://www.diagenode.com/categories/chromatin-shearing
5) 関連情報
- Picoruptorデモ機貸出を受付中、お気軽にご相談下さい
- クロマチン断片化条件に問題はございませんか？ 断片化クロマチン調製ガイド公開中
https://www.diagenode.com/protocols/bioruptor-pico-chromatin-preparation-guide - 小スケールでDNAの断片化を行いますか？
https://www.diagenode.com/protocols/small-volume-dnashearing-for-bioruptor-pico-protocol - ピコラプターの利点をさらに詳しく
https://www.diagenode.com/applications/dna-rna-shearing
6) キャンペーン
Diagenodeの製品がより多くの皆様の研究のお役に立てるよう、オンライン会員登録をして頂いた上でウェブサイトから製品をご購入頂いたお客様には、通常価格からさらに15％の割引を提供しています。
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条件：割引対象者はオンライン会員登録済みのユーザーで、更に弊社から直接ご購入頂く場合に限定いたします。
（キャンペーンはすでに終了いたしております）
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