Reduced representation bisulfite sequencing (RRBS) 技術はあらゆる脊椎動物のゲノムスケールDNAメチル化解析を1塩基単位の解像度で実施できる手法です。
本手法はバイサルファイト法の利点を有しながら、決定する塩基配列量を圧縮することで費用対効果の高いデータ取得が可能です。
ゲノムを制限酵素MspI (ターゲット部位CCGG）消化することにより、プロモーターやCpGアイランドを含むCpG-rich部位が濃縮され重要なメチル化イベントを解析できます（ヒト由来サンプルで最大700 万CpGのカバレッジが得られます）。
Diagenodeは、カスタムサービスとしてRRBS（Reduced representation bisulfite sequencing）受託解析サービスを提供しています。受託実績の豊富な弊社海外ラボで独自のワークフローを通してお客様のサンプルから高品質の分析データを取得・解析を加え、結果をお手元にお届けします。
RRBS受託解析サービスの特徴
・CpGリッチ領域（5-mC）のメチル化状態を一塩基分解能で解析します
・サンプル当たり低価格でご提供できます
・エピジェネティックバイオマーカー探索に適しています
・ゲノム全体のCpGリッチ領域のメチル化パターンを取得できます
・ヒトで最大700万箇所のCpGサイトをカバーします
・わずか100 ngのゲノムDNAから解析可能です
・UMI (Unique Molecular Identifier) technologyを用いPCR duplicateを除去するため、正確な解析が可能です。
弊社チームはNGS解析、バイオインフォマティクス及びメチローム、RNA-seqを含むマルチオミクスのモデリングにおける豊富な経験を基にサービスを提供します。
受託解析でウェットワークはお任せ・RRBSをもっと身近に
Step 1: ゲノムDNA 品質管理
• DNA濃度の測定
• DNA品質の評価
Step 2: ライブラリー調製
• MspI消化
• ライブラリー調製
• サイズの選択
• サンプルプーリング
• バイサルファイト変換
• ライブラリーの増幅とクリーンアップ
• RRBS Library Poolの品質管理
Step 3: シーケンシング(Illumina社プラットフォーム使用)
• ペアエンドリード、PE50
• 1サンプル当たり平均40 million raw reads
• ヒト由来サンプルで平均700万CpG をカバー
バイオインフォマティクス解析
多彩な追加解析オプションを取り揃えています。
FAQ
DiagenodeのRRBS受託解析サービスは細胞・血液・組織由来のゲノムDNAに対応しています。
結果を最大化するため、DNA調製・送付に関するガイドライン (別紙「サンプル調製・送付ガイドライン」)を厳守してください。
本受託解析サービスでの必要サンプル量は以下の通りです。
必要なゲノムDNAサンプル量
- 蛍光分析法で定量した、少なくとも100～250 ng以上のゲノムDNA
- 濃度5 ng/μＬ以上、必要量10 μL以上のゲノムDNAを送付してください
- （Nanodropなどによる定量結果は2本鎖DNAの濃度を過大評価する傾向があるためお避け下さい）
結果を最大化するため、DNA調製・送付に関するガイドライン (別紙「サンプル調製・送付ガイドライン」)を厳守してください。
Illuminaプラットフォーム（PE50）を用い、10サンプルプール時に1サンプル当たり約40M生リード数が得られます。
シーケンス深度など、その他のシーケンシングに関するご要望についてはお問い合わせください。
オーダーは最低10サンプルより承っており、10の倍数の個数でオーダーしていただきますようお願いいたします。正確な実験結果を得るため、反復実験の数をご依頼になるサンプルの数に含めることを推奨いたします。
RRBS受託解析サービスの流れ
DiagenodeのRRBS受託サービスでは、お客様が抽出したゲノムDNAサンプルをお預かりし、Diagenodeの専門チームによる処理および解析を行って結果をお知らせします。
以下にサービスの流れを簡単にご説明いたします。
1. お問い合わせ・お見積り
お見積りをご希望の方は、下のリンクをクリックして「お見積リクエストフォーム」よりお客様のサンプルについての情報をご入力ください。
送付いただきました情報を基にお見積を作成し、弊社営業担当者より折り返しお見積をお送りいたします。
お見積と共に、本サービスのサービスガイドライン及び解析結果の見本もお送りいたします。
サービスガイドラインは下のリンクからもダウンロードしていただけます。
正式なお見積りは弊社営業担当者、またはご利用の代理店を通してお手元にお届けいたします。
お見積りとともに「Biosafety form」をお送りいたしますので、サンプル調製・送付ガイドラインでサンプルの受託条件をご確認の上、サンプルの詳細情報をご記入いただけますようお願いいたします（輸出可否の確認をさせていただきます）。
海外のラボで分析を行います関係上、輸出規制に該当する品目を含むサンプルについてはご相談させていただく場合がございます。
必要に応じて、秘密保持契約・業務委託契約を締結させていただくことも可能です。
・サンプル調製・送付ガイドラインは “必ず” ご一読ください。
・“サンプル調製・送付ガイドライン“ に従っていないサンプルを提出された場合、追加料金が発生する可能性がございます。
サンプル調製・送付ガイドライン及びBiosafety formは下のリンクからダウンロードしていただくことが可能です。
①サンプル調製・送付ガイドライン
②Biosafety form
サービスの詳細や、その他のお問い合わせについて（資料請求、秘密保持契約の締結など）は、Diagenode SAグローバルサイト上の「お見積りボタン」をクリックしてお問い合わせください。
2. 注文書送付
受託解析をご依頼される際は注文書を弊社に直接、あるいは代理店を通してお送りいただきます。
注文を弊社で受領した段階で次の書類をお送りいたしますので、必要な情報をご記入の上、ご返送ください。
・サンプルIDシート
・（サンプルIDシート記入例）
返送いただきましたら弊社で確認の上、分析するサンプルを送付していただくスケジュールを調整・ご連絡させていただきます。
3. サンプル送付
サンプル送付日が決定いたしましたら、サンプル調製・送付ガイドラインに従ってゲノムDNAサンプルをご準備いただき、弊社にお送りください。
弊社で確認後、Diagenode SAにサンプルを送らせていただきます。
4. 解析作業
Diagenode SAで実施する作業は以下の通りです。
・サンプルの品質管理
Qubit (Thermo Fisher)、Fragment Analyzer (Advanced Analytical)を用いて品質管理を行います。サンプルに不備があった場合はこの段階で追加のサンプル提供についてご相談させていただきます。
・MspI消化
・ライブラリーの調製、サイズセレクションとプール
・バイサルファイト処理
・ライブラリーの増幅、サンプルクリーンアップと品管
・イルミナを用いて次世代シーケンス (SR50)
・バイオインフォマティクスに基づく解析
・8サンプルをプールした場合平均CpGカバレッジは10～15となります
5. 納品物送付
解析結果データの納品はDiagenode SAから直接お客様に電子メールでお送りいたします。容量の大きいファイルのダウンロードについてはftpサーバーよりダウンロードしていただく形になります。
詳しくはグローバルサイトをご覧いただくか、下のお問い合わせボタンをクリックしてお問い合わせフォームにご入力ください。弊社営業員が折り返しご連絡申し上げます。
エピジェネティクス受託解析サービス
DiagenodeではRRBSの他にも多くのエピジェネティクス関連受託サービスを承っております。下のページにてご紹介しておりますので、ご希望の解析に応じてご検討ください。
