ChIPで使用する抗体濃度の決定にウェスタンブロッティングは使用できますか？それとも得られたChIP DNAを直接qPCRで確認したほうが良いですか？

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ウェスタンブロッティングは使用するバッファーと反応条件がChIPとは異なるため、ChIP用抗体の検証方法としては不適当です。

可能であればChIP-seq検証済み抗体を使用してください（推奨される抗体濃度が示されています）。

また、ChIPの溶出画分などを検証し免疫沈降や洗浄効率を評価するのにウェスタンブロッティングを行うケースがありますが、通常必須ではありません。

ChIP効率の分析は、得られたDNA量をqPCRで判断するのが最も分かりやすい分析法と言えます。

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