ChIP-seqとRNA-seqの組み合わせによるデータ拡張は価値のあるデータセットを生成でき、マルチオミクス研究でも非常に多用されている組み合わせです。
多くのヒストンマークは遺伝子発現と関連することがわかっており、プロモーターやエンハンサーに対し活性化・poised・抑制化の3通りのコントロールを及ぼします。
特にヒストンマークについてRNA-seqのデータは貴重な追加の洞察を与えることができます。機能アノテーション分析（Functional annotation analysis）において、RNA-seqの情報を基に発現遺伝子のリストを微調整する目的にも使用できます。
