ATAC-Seqプロファイルは一般にヌクレオソームのラダーのように見えるため、CUT&Tag実験では適切な陽性コントロールを用いて識別できるようにすることが有用です。
ポジティブコントロールとしては、シグナルがATAC-seqシグナルと被りにくいH3K27me3が特に適しています。H3K4はATAC-seqシグナルに類似しているため、避けたほうが良いでしょう。
また、CUT&Tagでは、pA-Tn5活性を厳密に制御することによって、ATAC-seqシグナルが問題となることを回避できます。
洗浄によって非結合型の酵素を反応溶液から除去した上で、Mg2+を添加して抗体結合型pA-Tn5の活性化を行うことが可能なため、ATAC-seqシグナルを最小化することが可能です。
また、ATAC-seq Signalと反相関するH3K27me3陽性対照(および対照プライマー)をコントロール実験として含めることで、ATAC由来の異常なシグナルを検出することが可能です。
