酵素法でChIPに最適な長さのクロマチンDNAの断片長を得るためには、ヌクレアーゼ濃度と反応時間の最適化を行う必要があります。
酵素法のプロトコールは以前は頻繁に使用されていましたが、酵素の使用に起因する再現性とバイアスの問題を避けることは困難です。
確かに酵素法は穏和な条件でエピトープを損なう可能性が低くChIPに適していますが、次世代シーケンスで網羅的に配列解読した際に、シーケンス結果にバイアスを生じる可能性があるためです。
従って、クロマチンDNAの断片化方法としては、ソニケーションをお勧めします。
