コントロールとして、目的の抗体以外の抗体を使用することは推奨されますか？例えばH3K27me3を検出するときにインプット以外に他の抗-H3抗体をコントロールとして加えるのは適切ですか？

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免疫沈降によりヒストンが適切に濃縮されているかのポジティブコントロールとして使用する場合は、目的のヒストンマークと同じような挙動を示すヒストンマークを使用することを推奨します。

例えばH3K4me3（ヒストンのChIPでの標準的なマーク）か、H3K27me3が適切です。

H3は広範なゲノム領域を沈殿し、インプットのようなシグナルが得られます。

また、H3K4me3ではシャープなピークが得られるため、qPCRでも簡単に検出でき、ChIPのポジコンとして最適です。

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