H3K4me3は転写活性化に働くヒストンマークであるため、高いレベルで発現する遺伝子と相関していることが考えられます。
したがって、扱うサンプルで高いレベルの発現量を示している遺伝子領域をポジコン領域として、例えばGAPDHのようなハウスキーピング遺伝子などを使用できます。
それに対して、扱うサンプルで非活性な領域を選択する際は熟慮が必要ですが、そのような領域はネガコンとして使用できます。
また、ネガコンを設計する領域として、単純に活性なヒストンマークのない遺伝子間領域を選択することもできます。
