ソニケーションサイクルを増やさないと超音波処理でクロマチン断片化が進まないのですが、どうすればソニケーションサイクル数を減らすことができますか?現在ソニケーションを55サイクル行っています。

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【FAQ】クロマチン調製でソニケーションのサイクル数を減らしたい

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下に挙げるケースでは、ソニケーションサイクルを多く費やす必要が生じます。これらのケースを改善することによって、ソニケーションサイクルを減らすことができる場合がありますのでご検討ください。

・サンプル濃度が高すぎる場合

・Picoruptorチューブが推奨品でない場合(チューブの材質が柔らかいプラスチックの場合、サンプルを超音波から保護してしまう)

・クロスリンク(固定化処理)が強すぎる(1%ホルムアミド、8~10分で通常のChIPターゲットの場合充分です)

・断片化バッファーにSDSが入っていない

・Triton-Xが断片化バッファーに含まれており、SDSの効果を打ち消している

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