SDSは1%までの濃度で添加することによってソニケーション効率を向上させることができます。しかしながら、添加することによりターゲットタンパク質が変性したり、高次構造を解離させるリスクも増大します。
従って、実験条件やターゲットの種類に合わせたSDSの最小濃度を決めて実験することが大事です。
他の界面活性剤はSDSのソニケーション効率向上の効果を打ち消す場合があるため、可溶化バッファーやソニケーションバッファーの組成にはバランスを考慮する必要があります。
ダイアジェノードのEasyShear kitやChIP kitでは、ChIPのターゲットに応じて、SDS量を最適化したバッファーを使用していただけます。
- – <0.1% SDS：ヒストンのChIP用
- – 0.2% SDS：転写因子のChIP用
- – <0.5% SDS：植物のChIP用
- – 1% SDS：低インプットのChIP用 (ワンステップ可溶化、収率極大化)
また、SDSの濃度を変えた場合の検証済みの断片化プロトコールについてもご用意しています。詳しくは下のURLをご覧ください。
https://www.diagenode.com/jp/categories/chromatin-shearing（グローバルサイトにリンクします）
