存在量の少ないタンパク質あるいは一過性の転写因子などを対象とする場合は、初発細胞数を増やすことによりより良い結果が得られる場合があります。
一方、通常弊社では転写因子のChIPには400万個の細胞を使用することを推奨しており、実際それ以上の細胞数が必要になることはあまりありません。
固定化条件を変更することにより免疫沈降の収率を上げることも可能ですが、バックグラウンドが上昇するリスクも生じます。
もし十分な出発物質が手元にある場合は、初発細胞数を２倍にし、試薬量をそれに応じてスケールアップした条件における沈降量を一度テストします。
それと並行して、その他の改善につながるパラメータ（固定化条件、抗体の選定、抗体量、qPCRのプライマーポジション）を検討してください。
シーケンスには50pgのDNAペレットがあれば十分満足のいく結果を得ることが可能です。
