ChIP-seqの実験でネガコンとしてIgGを準備したほうが良いですか？それともインプットで十分ですか？

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IgGサンプルは通常ChIP-seqでは使用されることは少ないです。

IgGサンプルはqPCRを実施した際のバックグラウンドレベルの推定に使用できるほか、ChIPにおけるQCの練習に適しています。

それに対し、インプットサンプルはqPCR、シーケンス双方で重要なデータが得られます。

ほとんどの一般的なChIP解析のパイプラインでインプットサンプルがデータの正規化に使用されています。

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