Tn5はクロスリンク処理した核に効率よく入ることが可能です。従って、ホルムアルデヒドによってクロスリンク処理した核はCUT&Tagに適合します。また、転写因子のCUT&Tagには光クロスリンクを推奨します。
しかし、Tn5は、天然のクロマチンと比較して、架橋したクロマチンを断片化する効率が低い傾向があるようです。
実際は対象となる標的ごとに直接比較する必要がありますが、中程度に架橋されたクロマチン（典型的なChIP-seq/ChIPmentation試料）または二重架橋されたクロマチン（間接架橋剤を用いた転写因子などのChIP試料）であればTn5はよく機能しています。しかしクロマチンが高度に凝縮・架橋されたFFPEサンプルでは、Tn5の効率が低く、感度向上の処理などが必要な可能性が高いと思われます。
