次世代シーケンスで、サイズの大きい複雑な構造のゲノムを解析するのに必要なリード長とシーケンス深度はどのくらいですか?




【FAQ】ChIP-seqに必要なリード長とシーケンス深度



リード長はサンプルの種類、実験目的及びシーケンスカバレッジの要件に応じて選びます。

長いリード長は、よりシーケンスのオーバーラップを生じる方向に働くためゲノムのde novoシーケンスや繰り返し領域の解読の信頼性を高めるのに大変有用です。de novoシーケンスでは150bpのリード長で推定ゲノムサイズの30~100倍程度のデータを一般に取得します。

発現プロファイル解析や発現計数などのアプリケーションの場合、短いリード長でも十分でコスト的にも優位です。

ほとんどのChIP-seq実験ではリード長は50 bpで十分です。リード数は目的のタンパク質によって異なりますが、鋭いピークを持つヒストン修飾の場合は3,000万リード(H3K4m3)、ピーク幅が広く量が多いもの(H3K27m3など)の場合、約5,000万リードが推奨されます。



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