リード長はサンプルの種類、実験目的及びシーケンスカバレッジの要件に応じて選びます。
長いリード長は、よりシーケンスのオーバーラップを生じる方向に働くためゲノムのde novoシーケンスや繰り返し領域の解読の信頼性を高めるのに大変有用です。de novoシーケンスでは150bpのリード長で推定ゲノムサイズの30～100倍程度のデータを一般に取得します。
発現プロファイル解析や発現計数などのアプリケーションの場合、短いリード長でも十分でコスト的にも優位です。
ほとんどのChIP-seq実験ではリード長は50 bpで十分です。リード数は目的のタンパク質によって異なりますが、鋭いピークを持つヒストン修飾の場合は3,000万リード（H3K4m3）、ピーク幅が広く量が多いもの（H3K27m3など）の場合、約5,000万リードが推奨されます。
