組織の凍結融解によって死細胞が生じますが、セルソーターなどで生細胞だけ分離したほうが良いですか？

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ChIP実験にとっては細胞が生きている必要はありません。

望ましくは実験直前に細胞が固定化（クロスリンク）され直ちにChIPに用いられることですが、すぐに実験できないときは細胞を凍結することは可能です。

固定化については、クロマチンの元の状態を反映させるためになるべく優先して行ってください。

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