ゲノムDNAとの結合領域の狭い（20-50 bp）タンパク質の場合、ソニケーションでフラグメントの鎖長範囲を小さくしたほうが良いですか？

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このような場合でも、200-500 bpの鎖長範囲のフラグメントがChIP-seqで最もシャープなピークを生成するため、200-500 bpの鎖長範囲を濃縮できるよう調整してください。

また、短いフラグメントはqPCRで検出されないリスクもあります。

短いフラグメントを生成するために、ソニケーションサイクルを増加する必要がありますが、そのような場合エピトープの構造が損なわれるリスクについても考慮が必要です。

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