C. elegansのChIPを行っています。断片化クロマチンの精製後純度が260/230(または260/280)で0.2-0.7と低く、フェノクロやキットを使っても良くなりませんがどうすれば良いですか?

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【FAQ】クロマチンDNAの精製度が上がらない

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NanodropはRNA、バッファーなどの不純物が定量と純度に影響する度合いが大きいため、ChIPのクロマチン収率を検証するのには適していません。

断片化クロマチンの品質管理はゲル電気泳動ないしはQubitのような蛍光ベースの定量装置をご使用ください。

また、DiaPureカラムiPure磁性ビーズなどのDNA精製キットはChIP後のDNAやインプットサンプルの精製に適しています。これらのキットで精製したDNAは品質管理、qPCR、ChIP-seqのライブラリー調製に直接使用していただけます。

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