ChIPを用いたヒストン修飾の解析を行いたいのですが、クロスリンクの役割と免疫沈降されたDNAに与えるクロスリンクの影響について教えてください。

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【FAQ】ChIPにおけるクロスリンクの役割

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クロマチン免疫沈降(ChIP)は細胞や組織内のタンパク質-DNA相互作用を研究する手段として一般的に使用されている実験手法です。

ChIPに使用するクロマチンを最適な状態で調製するためのカギとなるのは、クロスリンクの最適化です。

クロスリンクでは通常ホルムアルデヒドを用いてDNAとタンパク質との間に可逆的な架橋結合を形成させます。

ホルムアルデヒドは細胞膜を迅速に透過し、インタクトな細胞内で互いに近傍にあるタンパク質やDNAを素早くクロスリンクします。ホルムアルデヒドによるクロスリンクは直接相互作用する2つの分子のクロスリンクに最適です。

しかしながら、高次の相互作用や動的な相互作用に対しては、効率の高いタンパク質-タンパク質の固定化を得るためにDiagenode ChIP Cross-link Goldのような2重クロスリンクChIP固定化試薬なども考慮に入れるべきでしょう。

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