事前にクロスリンク(固定化)・冷凍した細胞をソニケーションテストに用い、実際の実験を新鮮な細胞を使用しても良いですか?冷凍した細胞と新鮮な細胞で断片化の条件は変化しますか?

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ChIPに使用する断片化クロマチンの調製には新鮮な細胞をサンプルとしてソニケーションを行い、実験に即使用するのが最も適しています。

しかしながら、凍結細胞をソニケーションして断片化することも可能です。

冷凍した細胞ペレットは、冷凍したソニケーション済みクロマチンサンプルより安定に保存できます(新鮮細胞>冷凍細胞≫冷凍クロマチン)。

冷凍細胞は新鮮細胞とは異なる挙動を示す場合もあるため、それぞれ個別にソニケーション条件を最適化することを推奨します。

最適な結果を得るために、ダイアジェノードでは冷凍した細胞より新鮮細胞を使用することを強くお勧めしています。

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