ChIP-qPCRのネガコン領域は常に遺伝子間領域が良いですか、それとも非濃縮領域であればどこでもいい（遺伝子領域でもいい）ですか？

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ネガコン領域はChIPで検出対象とするヒストンマークの修飾の種類に応じて選択します。

検出したいヒストンマークと相関しない（非活性、あるいはH3K4me3の場合転写が生じていない）領域を選択してください。

目的の部位から離れていてもタンパク質との相互作用が存在しうるため、部位をいくつか選択しテストしてください。

ネガコン領域として使用できる部位の一例をあげると、特異性細胞でしか発現しない遺伝子の転写開始部位、あるいは遺伝子間領域が選択できます。

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