特に高い品質のChIPデータを得たい場合、qPCRでの確認が必須です。ChIPではデータの正規化の手法が解析に主要な影響を与えるため、得られたシグナルを慎重に定量することが正しいデータの解釈につながります。
ChIPで得られたデータの信頼性を担保するためにも、インプットサンプルの定量データを取得してください。インプットサンプルはChIP実験において基礎となる情報を提供するため、使用するプライマーセットごとに解析します。
インプットサンプルで得られるデータは、ChIP実験で使用されたクロマチンの存在と量を示しており、ポジコンとして使用されるほか、実験で得られた様々なデータを正規化する際の基準の値となります。
質の良いコントロールと定量データがあって初めてデータの正規化と統計学的な解析が可能となり、データの解釈についても信頼性を増大させることができます。よって、ChIP実験の評価にはqPCRを用い、正しい解析方法を用いてご確認ください。
