ChIP-qPCRとChIP-seqのサンプルデータの正規化の際、IgGで取得したデータを使った値を「インプット回収％」の代わりに使用しても良いですか？

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特に数量的データの正規化にはインプットからのリカバリー％をご利用ください。

IgGはバックグラウンドノイズがどの程度あるかについての指標にはなりますが、正規化に使用するにはインプットほど確度が高くありません。

qPCRの際は特にインプットを使用して正規化を行うことが重要です。

下のページについても併せてご覧ください。

Chapter 2. ChIP-qPCRとは？

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ChIP-qPCR法で定量値を計算する方法

インプット（input）サンプルについて ChIP-qPCR法によってDNAを定量する際、実験系によって適切なコントロールを置くことが不可欠です。 ChIPでは抗体によって免疫沈降する手順がありますが…

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