お客様が標的遺伝子をすでに有している場合、DNAメチル化解析を行う最も良い方法は、Targeted DNA Methylation解析です。
しかし、ターゲットを絞らずゲノムワイドに研究を展開することで、目的遺伝子に関連する制御ネットワーク全体をより深く理解することも可能です。
例えばbsmapのようなサードパーティのソフトウェアを使って、ピークを見ることが可能です。リードのアライメントが完了すると、塩基のメチル化レベルを抽出できます。多くのアラインメントソフトにはメチル化抽出モジュールが組み込まれており、一般的なメチル化統計とともにメチル化レベルのアウトプットが得られます。
このアウトプットから、DMRの同定、アノテーション、可視化など、下流の解析が容易に行えます。
