Targeted DNA methylation 受託解析サービス

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Diagenodeは、全ゲノム上の既知・特定範囲のメチル化DNAの定量解析手法であるTargeted DNA methylation受託解析サービスを提供しています。

Targeted DNA methylationによるメチル化解析は、解析したい範囲に応じいくつかの方法で行うことが可能です。

独自のワークフローを通してお客様のサンプルから高品質の分析データを取得、解析を加えた後結果をお手元にお届けします。

お客様のご注文後、サンプル送付から処理、データ取得、解析を包括的にサポートします。

解析したい範囲・対象に応じて異なる分析方法を選べます

Bisulfite Pyrosequencing

バイサルファイト処理を行ったゲノムDNAから得られた300 bpまでのPCRアンプリコンを対象にPyromark (Quigen)を用いてパイロシーケンスを行います。

パイロシーケンスに際してはPCRプライマー配列と反応条件決定を行います。また、対象生物はヒト・マウス・ラット・サルとなります。

既知のCpGが集中する300bpまでの短いDNA部位のメチル化状態の解析に適しています。

Bisulfite Amplicon Sequencing (BSAS)

バイサルファイト処理を行ったゲノムDNA上のターゲット領域をPCRで増幅し、得られたアンプリコンからライブラリーを調製して次世代シーケンシングを行います。

アンプリコンを得る過程でPCRプライマー配列と反応条件決定を行います。次世代シーケンスはIlluminaプラットフォームを採用しています。全生物を対象に行えます。

いくつかのCpG領域を含む長いDNA(~200kb)を解析するのに適しています。

カスタムキャプチャープローブ

断片化したゲノムDNA上のターゲット領域をRNAプローブ(Agilent SureSelect)を用いて配列選択的にキャプチャーします。単離した配列を対象にバイサルファイト処理を行い、次世代シーケンシングで解析します。

次世代シーケンスはIlluminaプラットフォームを採用しています。全生物を対象に行えます。

CpG領域を含む長いDNA(200kb~24Mb)を解析するのに適しています。

バイオインフォマティクス
サービスアウトプットファイル
Bisulfite PyrosequencingPCRプライマー配列とPCR条件
生パイログラムPDF
ターゲットCpG領域メチル化率パーセンテージのExcelファイル
Bisulfite Amplicon Sequencing (BSAS)シーケンス結果とCpGメチル化統計
オリジナル生データを含むFASTQファイル
FastQCとトリミングレポート
BAMフォーマットでのアラインメントデータ
アラインメントとメチル化コール
bedGraphで解析されたシトシンのメチル化ファイル
カスタムキャプチャープローブシーケンス結果とCpGメチル化統計
オリジナル生データを含むFASTQファイル
FastQCとトリミングレポート
BAMフォーマットでのアラインメントデータ
アラインメントとメチル化コール
bedGraphで解析されたシトシンのメチル化ファイル

オプションでメチル化の示差的解析を行うことも可能ですので、詳細はお問い合わせください。

サービスの流れ

DiagenodeのTargeted DNA methylation受託解析サービスでは、お客様の細胞・組織やゲノムDNAサンプルをお預かりし、Diagenodeの専門チームによる処理および解析を行って結果をお知らせします。

以下にサービスの流れを簡単にご説明いたします。

1. お問い合わせ・お見積り

お見積りをご希望の方は、下のリンク「サンプル情報フォーム」をクリックして、お客様のサンプルについての情報をご入力ください。

送付いただきました情報を基にお見積を作成し、弊社営業担当者より折り返しお見積と解析結果見本をお送りいたします。

正式なお見積は弊社営業担当者、またはご利用の代理店を通してお手元にお届けいたします。

お見積りとともに「Biosafety form」をお送りいたしますので、サンプル調製・送付ガイドラインでサンプルの受託条件をご確認の上、サンプルの詳細情報をご記入いただけますようお願いいたします(輸出可否の確認をさせていただきます)。

海外のラボで分析を行います関係上、輸出規制に該当する品目を含むサンプルについてはご相談させていただく場合がございます。

必要に応じて、秘密保持契約・業務委託契約を締結することも可能です。

サンプル調製・送付ガイドライン及びBiosafety formは下のリンクからダウンロードしていただくことも可能です。

①サンプル調製・送付ガイドライン
②Biosafety form

サービスの詳細や、その他のお問い合わせについて(資料請求、秘密保持契約の締結など)は、下リンクよりDiagenode SAグローバルサイト上の「お見積りボタン」をクリックしてお問い合わせください。

Targeted DNA methylation受託サービス(グローバルサイト)

2. 注文書送付

受託解析をご依頼される際は注文書を弊社に直接、あるいは代理店を通してお送りいただきます

注文を弊社で受領した段階で次の書類をお送りいたしますので、必要な情報をご記入の上、ご返送ください

・サンプルIDシート

返送いただきましたら弊社で確認の上、分析するサンプルを送付していただくスケジュールを調整・ご連絡させていただきます。

3. サンプル送付

サンプル送付日が決定いたしましたら、サンプル調製・送付ガイドラインに従って分析するサンプルをご準備いただき、弊社にお送りください。

弊社で確認後、Diagenode SAにサンプルを送らせていただきます。

4. 解析作業

Diagenode SAで実施する作業は以下の通りです。

・ゲノムDNAの品質管理

・(または細胞・組織からのDNA抽出)

・PCR条件の検討と増幅

・ライブラリー調製と品質管理

・次世代シーケンシング
・バイオインフォマティクスに基づく解析

5. 納品物送付

オプションで追加される解析結果データの納品はDiagenode SAから直接お客様に電子メールでお送りいたします。容量の大きいファイルのダウンロードについてはftpサーバーよりダウンロードしていただく形になります。

詳しくはグローバルサイトをご覧いただくか、下のお問い合わせボタンをクリックしてお問い合わせフォームにご入力ください。弊社営業員が折り返しご連絡申し上げます。

エピジェネティクス受託解析サービス

DiagenodeではChIP-seqの他にも多くのエピジェネティクス関連受託サービスを承っております。下のページにてご紹介しておりますので、ご希望の解析に応じてご検討ください。

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