CUT&Tagのデータをどのように正規化すればよいですか?CUT&Tag正規化についてバリデートされた方法はありますか?




【FAQ】CUT&Tagのデータ正規化法



古いプロトコルでは、pA-Tn5融合タンパク質に混入している大腸菌DNAをspike-in DNAとして用いることが推奨されていますが、DiagenodeのpA-Tn5は大腸菌DNAの汚染がないため、この方法は提案していません。

通常、サンプル間で等しい数のインプット細胞数があることを確認する方法をお勧めしています。

正規化は、データ解析時に読み取り深度(カバレッジ)の相対値を計算することによって得ることも可能です。各サンプルからの読み取り値は、100万人あたりのカウントに正規化されます。

Genome Biol 23, 144 (2022). https://doi.org/10.1186/s13059-022-02707-w



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