クロマチン断片化が不十分だった場合、対応として超音波処理(ソニケーション)時間を延長するのとサンプルの固定化時間を減らす/ホルムアルデヒド濃度を減らすのではどちらが良いですか?

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【FAQ】クロマチンが断片化しない

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クロマチン断片化への固定化時間の影響は、固定化時間あたりの超音波処理効率によって反映されます。

固定化時間が長いと、分子量が大きく、超音波耐性(10分以上の超音波処理でも断片化しない場合もある)の断片が増加します。

また、異なる種類のサンプルはホルムアルデヒドによる固定化に対して異なる挙動を示します。

したがって、実験に使用する各サンプルに対し、それぞれ個別に最適な固定化時間を決定してください。

転写因子や、間接的に結合しているターゲットを分析する場合は、固定化時間を長くする必要があります。

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