【FAQ】大きい転写因子のChIPについて
超音波処理によって400bpよりも小さいサイズにクロマチンを断片化する場合(特にChIP-seqで使用する場合)、大きな分子量のタンパク質を分解してしまうことがあります。
タンパク質の分解はChIP効率を下げるため、ソニケーションの強度は必要最低限とし、フラグメントのサイズ(800bp以下)とタンパク質のエピトープ保護をバランス良く両立できるように調整してください。
【FAQ】大きい転写因子のChIPについて
超音波処理によって400bpよりも小さいサイズにクロマチンを断片化する場合(特にChIP-seqで使用する場合)、大きな分子量のタンパク質を分解してしまうことがあります。
タンパク質の分解はChIP効率を下げるため、ソニケーションの強度は必要最低限とし、フラグメントのサイズ(800bp以下)とタンパク質のエピトープ保護をバランス良く両立できるように調整してください。