通常クロスリンクだけを取り上げて品質管理することは難しいと考えられます。
従って、クロスリンク剤（通常ホルムアルデヒド）について新鮮な試薬を必要十分な濃度条件で使用することが信頼できるクロスリンク（固定化）につながることを念頭に実験することをお勧めします。
クロスリンク（固定化）の反応時間は、とくにヒストン以外のタンパク質をChIPあるいは免疫沈降する際に変更することが多い値です。
クロスリンク（固定化）の強度を上げると細胞・組織の可溶化・ソニケーションに対する耐性が上昇するため、最適な固定化条件を得るためにはクロスリンクの反応時間を振ったサンプルないしはクロスリンクしないサンプルを比較対照とし、反応時間 vs シグナルの強度およびS/N比との相関を検討することをお勧めします。
