ソニケーションサイクルを増やしたり、DNAをより小さな断片にすることによって、エピトープの損失以外に実験に不利になる点はありますか？

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DNAを小さい断片にすることの不利な点は、主に長時間のソニケーションに伴いエピトープがダメージを受ける、あるいは除去されてしまうことが主であると考えられます。

また、断片が小さすぎることにより、PCRのかかる断片が少なくなる点も挙げられます。

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