ソニケーションによってクロマチンDNAを過度に断片化した場合、qPCRのかかりが悪くなるようですが、ChIP-seqへの影響についてはどうですか?




【FAQ】超音波処理をサンプルにかけすぎた場合



私たちの経験から、クロマチンDNAを過度に断片化した場合、得られる沈殿が少ない現象が見られるようです。

これは対象エピトープが損傷したり損失が生じたことに起因すると考えられ、特に転写因子が対象の場合に免疫沈降後の沈殿収率に影響を及ぼし、ChIP-seq実験の成否を左右する場合が多いです。



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