抗体の品質はChIPの成否を分ける絶対的な鍵です。
特にChIPに使用する抗体の場合、アフィニティ測定、ウェスタンブロットまたは免疫蛍光分析はChIP条件下での性能を必ずしも反映しないため、ChIP/ChIP-seqでの直接検証が最も正確です。
抗体によるターゲットの濃縮効率を定量化し、他の抗体やバッチと比較するためには、ChIP実験を行い、ChIP-qPCR（安価で迅速）またはChIP-seq（高価で時間がかかるが最適、Diagenodeでは独自に実施）により結合した部位と結合していない部位（例えば遺伝子間領域）の濃縮度を比較することが最適です。
