H3K27acに対するChIPで、免疫沈降の後2kb以上の大きな断片が沈降しました。何か理由があるのでしょうか?




【FAQ】ChIPで2kb以上の断片のみ沈降、なぜ?



Bioanalyzerでサンプルを見た場合、Bioanalyzerは出力スケールが直線的でないため、大きなフラグメントが見かけ上凝縮されて2 kb付近に「ピーク」を形成します。またアガロースゲルで同じサンプルを見た場合、800bp以下の断片が十分に観察されれば、2kb以上のスメアなバンドはそれ自体問題ではありません。免疫沈降中にこれらの断片が失われることはむしろ稀で、通常は実験下流につれてさらに濃縮されます。

しかし、クロマチンマークや抗体によっては、より大きな断片の方が優先的にプルダウンされる場合があります。例えば、クロスリンクが弱いケースなどで、より大きな断片でなければプルダウン用のエピトープを提供できない可能性がある場合です。

抗体の量が多すぎたり少なすぎたりする場合も、このような現象が起こる可能性があります。



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