MeDIP (10)
MagMeDIPアッセイで使用するDNAの品質は重要です。したがって、培養細胞からタンパクなど夾雑成分の少ないDNAを抽出していただき、その際ゲノムDNAの抽出および精製には、Diagenode XL GenDNA Extraction Module (このパッケージに含まれています) のご使用をお勧めしています。（血液または組織サンプルからのDNAの抽出には、他の特定のキットが必要な場合があります。）
gDNA分離用のXL GenDNA Extraction Moduleは、100万から 150万の培養細胞から約60 μgのDNAバッチの調製に十分な量の試薬を提供します。
実験前に品質評価を実行しておくことにより、機能を有するDNAテンプレートが十分な多様性を備えていることを担保する、有益なサンプルを取得できます。
このような品質評価により、エンドポイントの結果がテンプレート配列上の非代表的セットに左右されず、サンプルの配列多様性全体を再現性良く反映する可能性が高くなります。
MeDIPは、5-mC 抗体を用いた免疫沈降によってメチル化DNA領域を捕捉し濃縮する技術です。免疫沈降の最終的な目標は、バックグラウンド(非メチル化DNAに対応)と比較して、特定のDNAフラグメント (メチル化DNA に対応) の濃縮度を算出することです。適切なコントロールとの比較によって、高メチル化領域だけでなく、低メチル化領域に関する情報を取得することが可能です。MeDIP-seqを実施することにより、ゲノム全体のシトシンのメチル化状態を網羅的に把握できます。
また、すでに識別された MeDIP-seqピークに基づいて、サンプル間でメチル化の差異を識別することが可能です。MeDIP-seq 解析では、コントロールサンプルのメチル化レベルとの比較によって、メチル化レベルの量的な変動(高メチル化または低メチル化) に関する情報を得ることができます。
MeDIPでは、メチル化された DNAを認識するために5-mCに対する抗体を使用します。
この手法を使用すると、特定のターゲットの濃縮レベルに関する情報を得ることができます。MeDIPは濃縮ベースの手法であるため、フラグメントに存在するシトシンのどれがメチル化されているかを見ることなくメチル化の有無の状況についての情報を提供します。
それに対し、バイサルファイト法は、メチル化DNA と非メチル化DNAを区別する方法です。
メチル化されていないシトシンは重亜硫酸ナトリウム処理によってウラシルに脱アミノ化されますが、メチル化されたシトシンは変換されません。配列決定後、これにより、どのシトシンがメチル化されたかを正確に知ることができます。この情報を使用して、目的のターゲットのメチル化率を計算することができます。
