MeDIPでは、メチル化された DNAを認識するために5-mCに対する抗体を使用します。
この手法を使用すると、特定のターゲットの濃縮レベルに関する情報を得ることができます。MeDIPは濃縮ベースの手法であるため、フラグメントに存在するシトシンのどれがメチル化されているかを見ることなくメチル化の有無の状況についての情報を提供します。
それに対し、バイサルファイト法は、メチル化DNA と非メチル化DNAを区別する方法です。
メチル化されていないシトシンは重亜硫酸ナトリウム処理によってウラシルに脱アミノ化されますが、メチル化されたシトシンは変換されません。配列決定後、これにより、どのシトシンがメチル化されたかを正確に知ることができます。この情報を使用して、目的のターゲットのメチル化率を計算することができます。
