超音波処理時間の長さは、細胞の種類、細胞密度、サンプル量、固定時間、せん断バッファー中の界面活性剤の濃度などの要因によって変動します。
したがって、ゲノムサイズに応じてというよりは、新しい実験を開始するごとに常に超音波処理条件を最適化することが重要です。
新しい ChIP プロジェクトを開始するときは、30秒オン/30秒オフの超音波処理サイクルを5、10、15サイクルと振ったタイムコース実験をお勧めします。いくつかの実験条件では、2 ～ 3 サイクルの短い超音波処理時間でも満足のいくクロマチンのせん断が得られる場合があります。ベストプラクティスとして、満足のいくChIP 効率 (最高の回収率/最低のバックグラウンド) が得られる最短の超音波処理時間を選択します。ChIP 実験の効率が低下する可能性があるため、過剰な超音波処理は避けてください。
超音波処理は、新しい細胞の種類ごとに最適化する必要があります。細胞は、それぞれ超音波処理に対する耐性が異なり、一部の細胞株は、他の細胞株よりもクロマチンDNAの剪断が困難です。
「困難な」細胞を扱う場合は、2段階の細胞可溶化ステップ(核分離を含む)をお勧めします。
