薬剤投与群とvehicle投与群の細胞を比較したい場合、超音波処理を別々に最適化、場合によっては異なる条件を設定する必要があるでしょうか。

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原則的にはそうです。細胞間に何らかの違いがあると、超音波処理に対する感受性に影響を与える可能性があります（例： よりコンパクトなクロマチン、細胞生理の変化）。

とは言え、同じ種類のサンプルであれば、処理の有無に関わらず、非常に似たような挙動を示すことが多いようです。

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