ATAC-seqの際、タンパク質の結合部位とTn5トランスポザーゼの切断部位はどのくらい離れていますか?




【FAQ】Tn5 transposaseの切断部位



切断部位のタンパク質からの距離について明確な値は知られていませんが、アダプター配列およびインデックス配列を含めて150~2000bpの範囲内のライブラリーが通常得られています。

Tn5トランスポザーゼ作用後のほとんどのDNA断片長は約500bpですが、これはゲノムのエピジェネティックマークやサンプルの種類によって異なる場合があります。



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